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并非所有干细胞都是一样的。但是，成体干细胞和重编程干细胞在多大程度上能与胚胎干细胞的能力相媲美，已成为关于联邦政府是否应继续资助胚胎干细胞系研究的辩论中的一个有争议的问题。许多研究人员认为，多样化的干细胞组合将增加医学发现的回报。
人类胚胎干细胞 (hESC) 研究已获得联邦资金支持十多年，但一位联邦法官在 8 月份发布的一项意外禁令使该领域的未来受到质疑。法官的裁决是基于对 1996 年预算修正案（迪基-威克修正案）的严格解释，该修正案禁止联邦资金用于破坏或危及胚胎的研究。
“我们以为战斗已经结束了，”参议院拨款委员会劳工、卫生和公共服务、教育及相关机构小组委员会主席汤姆·哈金（Tom Harkin，民主党-艾奥瓦州）在星期四关于胚胎干细胞研究的听证会上说。在奥巴马政府执政期间，可用于联邦资助研究的胚胎干细胞系的数量增加了两倍多，但没有资金用于创建任何细胞系（这个过程会破坏胚胎）。
哈金指出，尽管本月上诉法院暂时解除了资金禁令，但该禁令“已使整个领域笼罩在不确定性的阴影之下”。
其他立法者渴望看到胚胎干细胞研究的资金被更永久地削减。迪基-威克修正案的参议员罗杰·威克（Roger Wicker，共和党-密西西比州）解释说，自从该修正案首次撰写以来，hESC 研究的出现只是强调了他所描述的立法意图：避免将税款用于任何危及胚胎的研究。
作为将联邦资金从 hESC 研究转向涉及成体干细胞的研究的理由，一些研究人员、立法者和倡导者认为，成体干细胞已被用于开发已证实的疗法，例如某些血液疾病的疗法。该阵营中的其他人则认为，重编程的成体细胞（诱导多能干细胞，或 iPSC）可以有效地取代对多能胚胎干细胞的需求。
“如果我们能使用成体干细胞[并]对其进行重编程使其像胚胎干细胞一样发挥作用，那我们为什么不采取这种方法呢？”威克问道。
然而，成体干细胞，无论是否经过重编程，都尚未显示出在变成体内任何细胞方面具有相同的灵活性。
“人类胚胎干细胞仍然是多能性的黄金标准，”美国国立卫生研究院院长弗朗西斯·柯林斯在听证会上说。
其他科学家认为，讨论不应是二选一的辩论。“我认为将不同类型的干细胞视为相互竞争的优先事项是错误的，”波士顿儿童医院干细胞项目副主任乔治·戴利在听证会上说。“ES 细胞不是幸存者的参赛者，不应该被投票淘汰出局，”他说。
密歇根大学安娜堡分校干细胞生物学中心主任肖恩·莫里森指出，从研究的角度来看，将不同类型的干细胞研究相互对立是没有意义的。“将此框架为胚胎干细胞和成体干细胞之间的辩论在科学上是毫无意义的，”他在听证会上说。他指出，胚胎干细胞帮助研究人员开发了其他研究工具，例如 iPSC。
第一个 hESC 于 1998 年分离出来，研究人员仍在努力寻找每种类型干细胞的优势和细微差别。“它们都很有趣；它们都很重要，”柯林斯在谈到这三种类型的干细胞时说。科学仍然太新，无法确定哪种类型的干细胞最适合哪种类型的研究和治疗。“我们不应该同时追求最令人兴奋的选择吗？”他问道。
越来越多的研究表明，这些细胞类型中的每一种的行为方式都存在关键差异。“尽管我们尽了最大努力”使 iPS 细胞表现得像 hES 细胞一样，“但仍然存在一些差异，”戴利说。最近的发现表明，iPSC 倾向于保留其来源细胞类型的细胞记忆。他指出，如果科学家希望将重编程的皮肤细胞变回皮肤细胞，那么这种回忆可能是一种优势。但是，“如果将 iPSC 视为与 hESC 一样纯粹的多能干细胞，那么记忆的存在实际上可能会阻碍您的研究”。
柯林斯和其他人不仅呼吁永久解除禁令，以便满怀信心地恢复研究，而且还呼吁扩大联邦资助研究人员可用的胚胎干细胞系的数目。他指出，即使是奥巴马政府批准的 75 条干细胞系（从布什政府的 21 条增加而来）也不足以在该领域进行强有力的研究。为了彻底研究针对不同人群的疗法，需要来自大量个体样本的细胞系。为了研究许多发育障碍，例如脆性 X 综合征，研究人员最好能够研究包含相关突变的干细胞系。“我们仅仅触及了潜力的表面，”柯林斯在谈到胚胎干细胞时说。