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在 1980 年代后期，数千只鸡因一种名为禽白血病病毒 J 的病毒引起的癌症而死亡，因为它们都起源于少数几只易感染该疾病的公鸡。
这只是基因多样性缺乏如何危害牲畜和农业的一个例子。 类似的例子比比皆是，从 19 世纪的爱尔兰马铃薯饥荒到肉用牛——一头名叫伊凡霍的公牛将其对免疫系统疾病的遗传易感性传给了今天美国大约 15% 的所有荷斯坦公牛。 现在，一项发表在《美国国家科学院院刊》上的新研究表明，世界上 400 亿只商业鸡——那些为了肉和蛋而饲养的鸡——的基因多样性只有鸡基因组中可能存在的一半，这使得它们容易受到其他破坏性疾病爆发的影响。
美国农业部的禽病专家 Hans Cheng 及其同事比较了 2,500 多只鸡的基因多样性，其中 1,440 只来自美国的商业农场。 其中一些工业化养殖的鸡已经失去了高达 90% 的同类基因，例如亚洲红原鸡（所有鸡的祖先）以及非商业品种的鸡（如中国丝羽乌骨鸡）。 平均而言，商业鸡至少缺乏鸡基因组中 50% 的基因。
Cheng 说：“商业种群中缺乏多样性很可能是由于使用有限数量的鸡品种来形成商业种群。” 这种“商业种群可能缺乏对抗新的和正在出现的疾病所需的基因多样性。”
美国所有白色蛋鸡都源自白色来亨鸡品种，而所有为肉而饲养的鸡（称为肉鸡）都源自英国康沃尔鸡或印度斗鸡品种。 缩小遗传密码使农民能够满足当前全球 6100 万吨肉类和 5500 多万吨鸡蛋的需求——自 1970 年以来产量增长了 436%。 但这也为所谓的“疾病冲击”的可能性创造了条件。
国际畜牧研究所 (ILRI) 所长、农业经济学家 Carlos Seré 说：“疾病冲击肯定在植物界已经出现过，并且产生了重大影响，包括人类和经济方面：例如 19 世纪著名的爱尔兰马铃薯饥荒，以及最近的荷兰榆树病 [一种真菌感染]。” “鸡群中的疾病冲击可能会发生，例如，由于具有高度传播性和致病性的禽流感病毒。”
Cheng 指出，如果没有本质上可以使鸡免受此类禽流感侵害的稀有基因，那么一次毒性极强的疫情可能会导致养鸡业停产。 但很难知道哪些基因缺失，因为研究人员在鸡基因组中只识别出极少量的基因及其相应的性状。
他说：“家禽业在选择重要的农艺性状（如大胸肌（更多肉）和增强的产蛋能力）方面显然做得很好。” “在有必要增加基因多样性之前，他们将继续在其现有种群中进行选择。”
然而，他警告说，到这种必要性变得明显时，可能为时已晚。 为了避免任何大规模死亡事件，他建议农民将商业鸡与其他类型的鸡进行杂交，以保存潜在有用基因的储备库。 当然，这可能需要在诸如产蛋量等目前是目标性状的方面做出权衡。
包括 ILRI 的一些研究人员呼吁为牲畜创建一个“基因库”，类似于用于重要作物的种子库，其中将包含牲畜基因多样性的冷冻记录。 Seré 指出，“对于其他大规模商业育种很重要的牲畜（如奶牛和猪）也这样做将会很有趣，以了解这些家养动物的状况如何。”
然而，此类基因库将需要新技术，因为没有人成功地长期储存公鸡精液或蛋黄。 与此同时，程说，研究应该继续尝试找出其他禽类品种中赋予禽流感抗性的基因，以拯救人类和鸡。 程说：“如果我们能够识别出基因抗性，那么这将极大地影响家禽业和人类健康。”