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当九岁的汉娜·波林（Hannah Poling）的父母宣布，她于两岁刚过被诊断出患有自闭症，宣布联邦疫苗伤害法庭已向他们授予和解协议时，该案例重新引发了关于长达十年的争论，即疫苗是否可能引发这种疾病。但是，在对该案例的大部分报道中，有一个鲜为人知的病症被忽略了，法庭表示，该病症因疫苗而加重，并使汉娜出现了自闭症的特征。
这种鲜为人知的病症——“线粒体疾病”——涉及细胞中经常被称为“动力工厂”的部分，因为它们将糖转化为能量。线粒体存在于身体的所有组织和器官中，当它们无法正常工作时，会导致或加重从糖尿病到脑部疾病的疾病。加州大学欧文分校人类遗传学和代谢专家杰伊·加格斯（Jay Gargus）表示，线粒体疾病有点像电力故障：“随着电压开始下降，不同的电器将开始出现故障，”他说。“首先，电视可能会关掉，然后灯可能会熄灭。”
2000年7月，19个月大的波林接种了五种含有九种免疫接种的疫苗，包括针对风疹（德国麻疹）、腮腺炎和水痘的接种。据她的父母说，这个女孩一直发育正常——她的父亲乔恩是一位约翰·霍普金斯大学培养的执业神经科医生，她的母亲是一位律师和注册护士——但在接种疫苗后的几个月里，她出现了发烧和其他一系列症状：腹泻、食欲不振和间歇性尖叫。一位儿科神经科医生在2001年2月检查她时注意到，她失去了之前获得的一些语言能力，不再进行眼神交流，也不再整夜睡觉。
在2007年11月的裁决中，疫苗法庭表示，波林在2000年7月接种的疫苗加重了她潜在的线粒体疾病（这在近一年后被发现），并导致了表现为自闭症症状的脑部疾病。
从理论上讲，这是有道理的：波士顿马萨诸塞州总医院的儿科神经科医生大卫·霍尔茨曼（David Holtzman）指出，大脑特别依赖线粒体提供的能量。“令人惊讶且难以具体理解的是，为什么它如此具有代表性地影响语言功能和社交功能，”他补充道。（除了自闭症的症状外，据报道波林还有肌肉无力、运动协调困难和一系列胃肠道问题。）
那么，线粒体疾病有多普遍？它们是否可以解释为什么一些接种疫苗的儿童会患上自闭症，而绝大多数儿童不会？
在《亚特兰大宪法报》的一篇评论文章中，波林的父亲引用了葡萄牙研究小组2005年的一项研究，该研究估计，每五名被诊断出患有自闭症的儿童中，就有一人患有线粒体疾病。他指出，这样的比例“不算‘罕见’。事实上，线粒体功能障碍可能是与自闭症相关的最常见的疾病。”
汉娜的疾病很可能是由于她DNA中罕见的突变造成的。负责线粒体的大部分DNA是从母亲那里遗传的，因为线粒体基因携带在卵子中，而不是精子中。哥伦比亚大学的线粒体专家萨尔瓦托·迪毛罗（Salvatore DiMauro）指出，波林案例历史中提到的点突变（发表在《儿童神经病学杂志》上）意味着她和她的母亲都在所有组织中携带了这种基因变异。因此，他说，“你会在母亲和女儿身上看到同样的结果”。但是波林的母亲特里是一位律师和注册护士，她没有自闭症。
迪毛罗说，这表明导致波林病情的基因缺陷是她核DNA的一部分，核DNA与线粒体基因不同。这意味着，从科学上讲，从疫苗法庭提供的文件中可以看出，波林一家没有提出值得赔偿的理由。（试图就迪毛罗的担忧联系乔恩·波林，但没有得到回应；然而，他在博客NeuroLogica上的一封公开信中同意，他女儿的致病基因缺陷很可能不在她的线粒体DNA中。）
亚特兰大一家实验室的线粒体疾病专家约翰·肖夫纳（John Shoffner）表示同意。在一项对40名自闭症患者（包括波林）的研究中，他发现三分之二的人有肌肉无力。如果儿童早期出现肌肉无力，这可能提示存在可能导致自闭症的潜在线粒体疾病，因为肌肉严重依赖线粒体作为能量来源。他还认为，这项新的研究——他上周在芝加哥举行的美国神经病学学会会议上展示了初步结果——将有助于解释为什么一些儿童（如波林）会因发烧而出现症状加重。
他指出，从疫苗到儿童自闭症的途径绝不是直接的。汉娜的线粒体已经表现不佳，因此当她因接种疫苗而发烧时，增加的能量需求可能会使它们超出阈值。他说，如果发生在24至36个月大之前或之间，由耳部感染或流感引起的发烧可能会引发自闭症症状，而典型的退行性自闭症通常会出现在这个时期，影响三分之一的患者。
肖夫纳指出，那些想谴责疫苗是自闭症或线粒体疾病诱因的父母和倡导者需要直接的证据，而不仅仅是间接证据。“如果你坐在一个满是人的候诊室里，突然有一个人病倒或死亡或发生其他事情，”他说，“你会逮捕坐在他们旁边的人吗？”
肖夫纳说，乔恩·波林的一些评论“混淆了视听”。“没有这种思维方式的先例，也没有这种思维方式的数据，”肖夫纳说。