“长寿基因”研究中的重大缺陷浮出水面

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本文发表于《大众科学》的前博客网络,反映了作者的观点,不一定代表《大众科学》的观点


上周,波士顿大学的一组科学家报告说,他们已经鉴定出大量与异常长寿相关的基因变异。然而,自从该报道登上头条以来,一些持怀疑态度的人对数据和研究结论表示了担忧。

《新闻周刊》周三报道,对数据的担忧源于波士顿大学科学家使用的一种研究工具——识别基因变异的DNA“芯片”。本质上,研究人员使用了两种不同的芯片来分析参与其研究的人们的基因。杜克大学遗传学家大卫·戈尔茨坦表示,这样做的问题在于,每个芯片在识别变异方面都容易出现不同类型的错误。如果在同一项研究中使用几种不同的芯片,可能会导致假阳性结果

避免假阳性的关键是确保使用完全相同的技术来分析病例组和对照组。戈尔茨坦说,如果您使用一种类型的芯片来分析病例组,而使用另一种类型的芯片来分析对照组,“您可能会看到在不同芯片上基因分型不同的任何[变异]‘亮起’,并明显与该特征相关联”,而实际上这种模式只是实验性的人为因素。


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《新闻周刊》的文章中,解码遗传学的创始人卡里·斯特凡松讨论了先前发现的该研究中使用的一种芯片的问题,该芯片被称为610-Quad芯片

……它在波士顿大学研究中与衰老相关的两个最强变异(称为rs1036819和rs1455311)方面存在奇怪且相关的怪癖。对于任何给定的基因,一个人将拥有两个“等位基因”,即DNA的形式。在绝大多数人中,基因组中rs1036819和rs1455311位置上的这些等位基因对由一个“次要”形式和一个“主要”形式组成。但是,610-Quad芯片倾向于在这些特定位置看到错误的东西。斯特凡松说,它总是识别出“次要”形式,而不是“主要”形式,即使后者确实存在于DNA中,而通常情况下都是存在的。如果您在病例组中比在对照组中更多地使用容易出错的芯片(就像波士顿大学的研究人员所做的那样),那么您将在这些病例中看到更多的错误。而且,由于您正在寻找的是病例中不寻常的模式,因此您很可能会将所有这些错误(即假阳性)误认为是实际上不存在的遗传联系。

 

批评者声称,通过对所有样本使用单个新的芯片重复分析,可以轻松解决这些担忧。许多人认为这应该在研究发表之前完成,因此引发了人们对该研究如何在没有进行该操作的情况下被世界顶级研究期刊之一的《科学》杂志接受发表的疑问。

周三,波士顿大学的科学家在准备好的声明中回应了批评,指出他们知道自己使用的芯片存在技术错误,并且他们正在根据这一发现重新检查他们的数据。然而,他们不认为该错误会影响其模型的整体准确性。

无论这场辩论的结果如何,该研究的作者都一再承认他们的模型尚未准备好供公众使用,尤其不是以基因测试的形式使用(多家公司目前可能正在创建此类产品)。因此,如果您仍然希望了解自己可能活多久,那么最好的选择是忽略任何即将推出的基因测试,而只需查看您的家谱。

iStockPhoto提供的DNA芯片图像

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