细菌“鱼叉”从环境中攫取裸露 DNA,用于性行为和“零食” [视频]

天然细菌转化之所以发生,要归功于称为菌毛的粘性柔性纤维

带有不同菌毛的霍乱弧菌Vibrio cholerae

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本文发表于《大众科学》的前博客网络,反映了作者的观点,不一定反映《大众科学》的观点


细菌像其他人一样喜欢性行为。当然,在它们的领域中,性行为是获取或捐赠任何数量的 DNA,而不是基因组争夺的全接触运动。

20 年前我上学的时候,人们认为细菌可以通过三种方式实现这一点:通过直接摄取环境中的裸露 DNA;通过病毒在细菌之间穿梭时意外转移细菌 DNA;以及通过结合,在这种结合中,细菌进行着大多数人会认为是夫妻探望的行为。它们通过称为菌毛(!)的长而细的隧道转移小环状 DNA。

当我想到第一种方法——直接摄取裸露 DNA,也称为转化——我有一种想法,认为在虚弱的时刻,细菌细胞壁不知何故裂开,DNA 偷偷溜进去或被吸进去。教学方式相当模糊。查阅我的旧微生物学教科书,我看到即使在那时,人们也知道存在某种蛋白质——被认为嵌入在细胞膜中——充当从街上捡到的 DNA 的看门人。


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我刚刚学到的是,感谢印第安纳大学的科学家上周在《自然微生物学》杂志上发表的一项研究,我应该想象的更像是本视频右侧的帧,其中自由漂浮的 DNA 被标记为红色

细菌利用鱼叉状的感受态菌毛从环境中夺取裸露 DNA,然后将其拖回细胞内,就像聚会者用牙签叉鸡尾酒香肠一样。这种类比并不像您想象的那么牵强,因为漂浮在环境中的 DNA 既可以是食物,也可以是性伴侣(尽管要理解这一点很奇怪)。

科学家选择用于这项研究的生物是霍乱弧菌Vibrio cholerae——在过去两个世纪中,它给数千万人类带来了死亡——但也是一种喜欢将事物混合在一起的细菌,如果您明白我的意思。科学家们很好奇这到底是如何发生的。

我们为什么要关心细菌如何发生性行为?抛开偷窥癖不谈,细菌的性行为是生物体传播抗生素耐药基因、改变伪装以及在宿主战争中获得新策略的方式。了解它们“如何做”可能有助于将未来的死亡传播降至最低。

特别是,科学家们对菌毛的作用感兴趣。菌毛是由称为菌毛蛋白的蛋白质构建的管状结构。菌毛可能多次进化用于多种用途。除了在结合中的“交配”功能外,一些菌毛还通过棘轮式运动在表面上移动细菌。

在过去十年左右的时间里,科学家们已经意识到感受态菌毛是细菌转化的媒介——也许是主要的媒介。一种情况是,菌毛抓住 DNA,并在菌毛收缩时将其拉入细菌内部。

另一种假设是,菌毛打开一个称为分泌素的细胞膜孔蛋白,允许 DNA 向内扩散,更像是我在学校想象的情景。

科学家们说,这两者之间的主要区别在于菌毛是否可以结合 DNA。此过程的静止图像显示 DNA 悬挂在菌毛的尖端,但很难知道这是否是巧合。作者认为,视频片段会更具说服力。

因此,他们决定尝试一些显而易见但以前没有人尝试过的事情,因为没有人知道如何做到。他们想出了一种方法,用荧光分子标记活体霍乱细胞的菌毛和环境 DNA。然后他们关掉房间的灯,打开黑光灯,观察发生了什么。结果就是您已经看过的视频。

他们认为这是如何实现的?

在两个嵌入在内细胞膜中的 ATP 驱动的马达 PilB 和 PilT 的帮助下,细菌可以伸出和缩回菌毛。这些酶像弹出珠子一样,在基部将菌毛蛋白卡在一起或拉开。

霍乱弧菌中的菌毛构建或破坏发生得很快。在有利条件下生长的细胞中,大约一半在约一分钟内至少产生一根一微米长的菌毛。正如您在视频中看到的,它们也可以变得更长!(其他细菌可能使用短得多的菌毛。长菌毛似乎对于从 生物膜 上而不是从环境中自由漂浮的物质中夺取 DNA 很有用)。

作者提出的菌毛介导的 DNA 摄取模型。 OM = 外膜,IM = 内膜,PG = 肽聚糖,ComEA = 棘轮蛋白,PilQ = 分泌素孔。紫色椭圆形是菌毛蛋白亚基。 来源:Ellison 等人,2018 年

该团队使用多种方法,包括显示菌毛将标记的 DNA 拉向细胞的荧光显微镜视频,证明感受态菌毛在其尖端与双链 DNA 结合。然后,通过 PilT 在其基部去除菌毛蛋白亚基来收缩菌毛。当他们物理阻止菌毛收缩时,DNA 摄取量下降了 100 倍,即使 DNA 仍然与菌毛结合。

当 DNA 到达细胞膜时,它面临着一个看似两难的境地:它必须穿过的孔,称为 PilQ,比折叠 DNA 链的宽度小得多。没问题。作者说,看起来,ATP 驱动的 PilT 通过猛拉 DNA 穿过狭窄的孔径来穿针引线。然后,漂浮在内膜和外膜之间空间中的称为 ComEA 的棘轮蛋白抓住 DNA,并像海上船舶上的抢救人员一样,用力地将奖品一路拖过舷窗。

参考文献

Ellison, Courtney K.、Triana N. Dalia、Alfredo Vidal Ceballos、Joseph Che-Yen Wang、Nicolas Biais、Yves V. Brun 和 Ankur B. Dalia。“DNA 结合 IV 型感受态菌毛的收缩启动霍乱弧菌自然转化过程中的 DNA 摄取。自然微生物学 (2018): 1.

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