本文发表于《大众科学》的前博客网络,反映了作者的观点,不一定反映《大众科学》的观点
这篇博文最初发表于2005年1月16日,修改自我在2000年初写的一篇预考问题。
生物钟的进化生理学
“生物节律钟使生物体能够预测环境中的周期性(可预测的)变化,而不是仅仅对其做出反应”。类似于这样的句子是时间生物学领域中许多论文的开篇语。除了因频繁重复而成为真理外,这种说法也符合常识。很难想象一个宇宙中它不是真的。然而,支持上述陈述的数据寥寥无几。信不信由你,数据也并非总是支持它。
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这篇文章将尝试简要回顾关于生物节律的进化和适应性方面的文献。此外,我将使用进化生理学的观点和方法,尝试提出一些方法来检验上面第一句话中陈述的假设。
常识论证背后的推理
对于时间生物学领域及其近期在生物节律的分子、神经和医学方面取得的成就的外部观察者来说,该领域是由生态学家、行为学家和进化生物学家创立的,这可能会令人惊讶。当最初提出关于时钟适应性功能的陈述时,作者比今天通常看到的要谨慎得多。它最初被认为是一个需要检验的假设,并且经常提供详尽的推理来说服读者为什么它可能是真的(Daan 1981, Pittendrigh 1967,1993, Enright 1970)。
时钟必须具有适应性(出于某种原因)的最常见论点之一是它的普遍性——所有植物、真菌、原生生物、无脊椎动物和脊椎动物(最近也包括蓝细菌)都表现出昼夜节律。在实验室中,这些节律在各种实验处理中的表现方式在所有物种中都惊人地相似。因此,推理是这样的,如果在每种生物中都发现了一种生理机制,并且它在所有生物中都以相同的方式工作,那么它一定是早期由于自然选择而产生的,并且由于自然选择而经历了漫长的时间得以保存。
最早的一些实验工作旨在测试生物节律的遗传基础。许多代实验室生物在非周期性环境中被饲养并度过一生,但节律仍然存在(Sheeba et al. 1999)。节律的周期是物种特异性的、高度可遗传的,并且非常适合人工选择。因此,如果它存在于基因中,那么时钟一定是由于某种选择压力而进化的。
在回顾关于生物节律的进化文献时,通常很难区分当前效用的假设和起源的假设。人们通常认为,今天使生物圈各地时钟滴答作响的相同选择压力,也是早期生命形式最初发现计时机制的原因。
生物节律的当前适应性功能通常分为两个互不排斥的类别。内部同步假说强调了在体内(或细胞内)对不相容的生化和生理过程进行时间分离,以及对需要同时发生的过程进行时间同步的必要性。前者的一个例子是将光合作用与固氮作用进行时间分离。对于后者,激素的激增及其受体的可用性需要同步,才能产生内分泌效应。这种时间控制机制的进化可能减轻了酶及其底物持续产生的能量成本。
外部同步假说假设存在时间生态位。例如,动物在食物可用时觅食、在捕食者饥饿时躲藏、以及在有利于交配的时间找到异性个体将是具有适应性的。值得注意的是,从来没有明确指出,只有当每个人都有时钟时,拥有时钟才具有适应性。那么,谁先拥有了它呢?
这两个假设很容易结合在一起。鸟类会在体温较低时睡觉而不是觅食。它会醒来,升高体温和皮质酮水平,并在外界条件最有利于它时开始觅食——当天气温暖、光线充足且蠕虫四处爬行时。“早起的鸟儿有虫吃”这句古老的谚语经常被引用(正如R.A.海因莱因曾经打趣道,“这只是说明蠕虫应该待在床上”)。
与第二个假设相关联的还有昼夜节律钟参与时间记忆的概念(Enright 1975, Biebach et al. 1991)。因此,每一个被记录在记忆中的事件,都将与关于“什么”和“在哪里”的信息一起,拥有一个由时钟给出的时间戳——记忆的“何时”。如果在昨天的一天中的某个时间做某事导致了生存,那么今天在完全相同的时间再次做这件事可能是明智的(Daan 1995)。
第一个时钟的起源与其当前用途之间的一个重要区别在于所讨论的生物体的大小和复杂性。第一个时钟大概出现在单细胞生物中。今天的大部分研究都集中在多细胞生物上。
在第一种情况下,我们谈论的是单细胞时钟,在第二种情况下,我们谈论的是昼夜节律系统,它可能由许多不同特性的时钟组成,所有这些时钟都相互作用,与环境相互作用,并与身体的其他功能相互作用。单个细胞能做的事情是有限的。在更高组织水平上存在的复杂时钟店可以进化出复杂的新功能,例如,光周期时间测量、时间补偿的太阳罗盘定向、潮汐、月球和周年节律。
在生物节律进化的研究中,我们是在讨论细胞构建块的进化还是更高阶系统的进化?
进化生理学背景下的时间生物学
Feder、Bennett 和 Huey 于 2000 年对进化生理学的回顾目前是该领域的宣言(Feder et al. 2000)。在本节中,我将遵循他们论文的组织结构,探讨昼夜节律生理学如何适应进化生理学的框架,以及进化方法如何有益于生物节律的研究。
进化生理学是比较生理学领域相对较新的自然产物,而比较生理学领域又是从一般的机械生理学发展而来的。进化生理学家是传统比较生理学家的直接知识(和通常是学术)后裔,因此主题仍然相似:比例、同态,以及对代谢、呼吸、渗透调节、体温调节和运动性能的研究。然而,生理学的其他方面已被其他科学家群体所处理,例如,比较内分泌学、神经生物学、感觉生理学、消化生理学和生殖生理学都是其自身充满活力的领域。比较时间生物学也有悠久的传统(Horton 2001)。从医学驱动的生理学领域(例如,睡眠)的例子中可以看出比较研究对于理解潜在机制的重要性。由于缺乏对过程的整体基本理解,这些领域在黑暗中摸索了数十年,而这反过来又是由于缺乏在适应性和进化背景下对该现象的比较研究。
如果说进化思想在过去不是生理学思想的一部分,那将是错误的,但进化生理学明确地将进化理论、范式、概念、模型和技术引入到生理适应的研究中。Feder 等人 (2000) 认识到导致进化生理学从其一般和比较前辈中崛起的四个主要发展。
首先,对适应性思维的批判(Gould 和 Lewontin 1979)对包括生理学在内的所有生物学领域都产生了巨大的涟漪效应。每个性状都是自然选择塑造的适应的幼稚假设让位于更复杂的进化观点,其中包含约束和漂变等非适应性力量。在这里,生物钟的普遍存在以及无法想象没有时钟的宇宙导致了普遍的观点,即不仅时钟的纯粹存在,而且其机制的各个方面都必须是对环境的适应,这种适应是通过自然选择的力量进化而来的。在这种背景下,非适应性进化机制很难理解,并且文献中没有就此进行明确的陈述。
其次,对物种作为比较生物学分析单位的非独立性的新认识导致了新的分析工具的开发、比较研究的新方法,以及最重要的是,强调祖先-后代关系。生物钟的比较研究是整个时间生物学领域建立的基础。然而,这些研究并非明确的系统发育研究。时钟是如此普遍,以至于很少在密切相关的物种之间进行比较。比较植物、真菌、昆虫和哺乳动物的代表更为常见,而且现在仍然如此。在极少数情况下,系统发育树出现在时间生物学文献中,它最有可能成为生命之树,而不仅仅是生命之树的一小部分。因此,物种的非独立性是一个迄今为止对比较工作没有太大影响的问题,但当对密切相关的物种进行更多分析时,这是一个必须解决的问题。
第三,将进化生物学的工具纳入生理学,使得研究能够先验地陈述进化假设,而不是事后陈述。使用这些工具,人们能够监测正在进行的进化并预测未来的进化轨迹,而不仅仅是记录过去进化的结果。在时间生物学中,最近沿着这些思路进行了一些研究,更多地关注光周期时间测量而不是昼夜节律时间测量(Ben Saad 和 Maurel 2001, Heideman 等人 1999, Heideman 和 Bronson 1991)。
第四,最新分子生物学工具的使用使人们能够从标准的遗传实验室模型中解放出来,转向生理学家感兴趣的许多其他物种。对参与昼夜节律的基因进行了双翅目和鳞翅目昆虫的比较分子分析,并且可以肯定的是,对其他生物的研究将在不久的将来跟进(Piccin 等人 2000, Peixoto 等人 1998, Costa 和 Kyriacou 1998, Kyriacou 等人 1996, Saleem 等人 2001)。
进化生物学旨在回答两种问题:关于过程(“进化如何运作”)和模式(“到目前为止,在这个特定星球的生命史上,进化创造了什么”)。进化生理学作为其子集,同样对过程和模式都感兴趣。毕竟,一个告知另一个,反之亦然。同样,机械数据和进化数据相互告知,反之亦然。虽然传统的比较生理学从机制上解释了生物体如何适应其环境,并在事后添加了适应性解释,但现代进化生理学从进化预测开始,并在实验室和野外通过比较研究对其进行检验。
特别令人感兴趣的是最优性问题——环境的要求与对这些要求的生理学答案之间是否存在密切匹配,还是安全边际和过度设计是规则。在昼夜节律钟领域,很难定义安全边际和过度设计意味着什么。时钟是一个生物体生理功能的核心。它充当一个中继站,控制着几乎所有其他方面的生物化学、生理学和行为。核心的细胞时钟预计不会受到环境的太大影响,但时钟的输出,即从时钟到所有其他功能的信号,更可能是选择的目标。昼夜节律系统的可塑性及其与下游功能的耦合是一种可以预期与环境参数相关的特征,例如,环境的稳定性与变异性。
迄今为止的进化时间生理学
生物节律研究人员采用了几种研究进化模式和过程的方法。这些方法包括自然种群变异的研究,包括纬度梯度(Skopik 和 Takeda 1987, Sawyer 等人 1997),相关性状的测试,例如,昼夜节律与光周期性(Majoy 和 Heideman 2000)或昼夜节律与发育时间(Bloch 等人 2001),以及对人工选择的反应研究。
已经从分子到生物体水平进行了比较研究。然而,物种的选择值得怀疑。如果相关的环境参数是明暗周期,那么迄今为止研究的大多数物种都占据了相同的环境生态位——温带地区的地球表面。为了使比较研究能够区分生态专业化和系统发育惯性,需要比较占据不同环境的生物体。就时钟而言,此类环境将包括极地地区(LD 6mo:6mo 的明暗周期)、赤道(恒定的 LD12h:12h)和地表以下的生活(恒定黑暗,DD)。尽管许多物种已在实验室中的此类条件下进行了研究,但在野外研究生活在这些条件下的生物体的情况很少见。最近对地下和洞穴动物的研究是对时间生物学比较工作的可喜改变(Lee 1969, Hoenen 和 Gnaspini 1999, Riccio 和 Goldman 2000a, b, Avivi 等人 2001, Koilraj 等人 2000, Trajano 和 Menna-Barreto 2000)。
关于昼夜节律钟适应性功能的最新数据采用了在改变的光照环境中测量适应性,以及比较时钟功能基因突变体之间的适应性。然而,唯一使用的适应性衡量标准是寿命(Pittendrigh 和 Minis 1972, Klarsfeld 和 Rouyer 1998, Hurd 和 Ralph 1998),并且只有两篇论文研究了寿命与终生繁殖输出之间的权衡(Sheeba 等人 2000, Beaver 等人 2002)。
表型工程是 Patricia DeCoursey 研究的标志,她是该领域的先驱之一(DeCoursey 等人 1997, 2000, DeCoursey 和 Krulas 1998)。她测量了各种啮齿动物在切除下丘脑视交叉上核中的昼夜节律起搏器后在野外的存活率。数据并不像人们预期的那样简单——存活率取决于当年捕食者的数量有多糟糕。光对行为的掩蔽效应,即白天由于强光而挖洞,可以在某些情况下保护无时钟动物免受捕食,这取决于啮齿动物的种类和捕食者的种类。这类研究主要存在两个问题。首先,仅在一代中观察到切除时钟的效果。如果一些无时钟个体设法每年生存和繁殖,并且如果以某种方式(基因?)设计成后代也是无时钟的,那么这样的种群能否在野外建立自身?它会进化出什么替代机制来降低被捕食的风险?其他相关的时间方面(例如,光周期性、发育时间、超昼夜节律)是否会额外降低它们的适应性?如果我们正在移除一个已经继承了数十亿年的机制,我们为什么要期望存在一种替代机制来在没有时钟的情况下保护动物?
为进化时间生理学寻找正确的生态背景
在这篇博文的前面,我注意到关于生物钟适应性功能的大部分思考都集中在适应物理环境——光和黑暗的每日节律。当人们关注原始汤中生物钟的最初出现时,这是一个非常合理的假设,并且在对某些单细胞生物的研究中可能仍然有效(Dvornyk 等人 2002)。然而,在当今世界,似乎每个人都有一个时钟,假设环境的生物方面将是当前生物计时机制使用的关键选择压力似乎是合理的。因此,对个体、群体、种群和物种之间相互作用的时间方面的研究有可能为生物钟的进化提供重要的见解。这种研究也将被迫进一步复杂化。许多生物相互作用都取决于生态位构建性状,以及由于在两个或多个组织水平上同时选择压力而进化的性状,例如,基因、个体和群体选择同时以相同的方向、相反的方向或在向量之间的某个角度起作用。
最近报告了几个关于这些思路的令人兴奋的研究发现。首先,在 1998 年,范德堡大学的 Carl Johnson 小组在蓝细菌中测试了“共振假说”。昼夜节律钟的内在(“自由运行”)周期需要类似于自然界中夹带周期(24 小时)的概念在聚球藻属的周期突变体中进行了测试(Ouyang 等人 1998)。各种突变体暴露于不同长度的光周期。当时在竞争性测定方案中测试了两种突变体。在每种情况下,内在周期更接近匹配夹带周期的菌株都赢得了竞争性测定。因此,与环境同步会赋予对抗同种竞争者的适应性(Johnson 等人 1998)。
最近发表了一系列关于以色列同域生活的两种同属金刺鼠之间的时间生态位排斥的论文。最初都是夜间活动的,在同域地区,其中一个物种采用了昼间生活方式。对昼间活动的生理适应,包括体温调节、渗透调节和视觉,没有改变。实验室中的昼夜节律表现也没有差异。唯一的区别在于田野中时钟与行为输出(睡眠-觉醒周期)之间的耦合,即在竞争者存在的生态压力下,活动节律与昼夜节律控制的分离(Kornfeld-Schor 等人 2001)。
Fleury 等人 (2000) 检验了果蝇最不具竞争力的寄生蜂会通过比竞争对手更早地寄生其宿主来获得适应性优势的假设。对实验室和野外三种寄生蜂的比较表明,情况确实如此,并且寄生时间直接受三种寄生蜂中每一种的昼夜节律钟的特性驱动(Fleury 等人 2000)。
抛丝蜘蛛使用化学拟态来引诱蛾子猎物进入抛丝的射程范围内——这是它们捕获猎物的武器。作为这种蜘蛛最喜欢的猎物的两种蛾子在夜间不同的时间活动,并且也产生不同的信息素混合物。抛丝蜘蛛产生不同的信息素混合物,以在夜间正确的时间匹配它们的猎物(Cesar Gemeno,私人通讯)。
最后,可能是在昼夜节律钟周围的军备竞赛中涉及多个物种的最令人印象深刻的例子是疟疾的案例(Garcia 等人 2001)。蚊子是携带疟原虫的媒介。热带地区的蚊子是夜间活动的,而且,它们的活动仅限于夜间的短时间。不同地理区域的不同蚊子物种在夜间活动的准确时间是不同的,据推测是为了避开当地蝙蝠物种最活跃狩猎的时间。蚊子被热量、二氧化碳和某些气味分子吸引。发烧的人(或动物)会散发热量、二氧化碳,并且作为汗液的成分,散发出相同的气味化合物。疟疾患者(人类或兽医)仅在夜间有限的时间内表现出发烧——当地蚊子最有可能叮咬的夜间时间。发烧是由数十亿疟原虫同时从红细胞爆发到血浆中引起的。
除了引起发烧外,大量释放疟原虫颗粒还会暂时压倒免疫系统,从而确保在蚊子可能吸血的时候,血浆中存在足够数量的疟原虫。由于它生活在恒定的黑暗中,疟原虫如何知道何时从红细胞的隐藏处出现?Hotta 等人 (2000) 发现疟原虫从其宿主那里获得时间信息。晚上血液中褪黑激素的出现通过 Ca++ 依赖性转导途径触发反应。疟原虫的时钟整合了这些信息,以精确地定时从红细胞中出现。因此,人类(和动物)患者、疟原虫、蚊子和蝙蝠的昼夜节律钟都参与了围绕昼夜节律钟的军备竞赛,导致不同疟原虫寄生虫、蚊子媒介、蝙蝠捕食者和哺乳动物宿主的定时模式不同。这种系统为未来研究昼夜节律钟和系统的进化提供了最大的希望。
参考文献
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