流鼻涕、咳嗽、发烧：患者每天都会带着这些典型的呼吸道感染症状来到诊所。但罪魁祸首是可以用抗生素攻击的细菌，还是更难用药物靶向的病毒？通常医生无法确定。但研究人员表示，他们正接近于一种准确的检测方法，可以在医生办公室快速做出判断。
面对不明感染，医生有时会要求进行常见细菌（如链球菌）的实验室检测。或者他们可能会立即尝试抗生素，这种决定仅仅基于症状的强度——但抗生素的过度使用会导致危险的耐药菌株。“当能够快速区分时，我们可以确保不会不恰当地处方抗生素，”杜克大学传染病专家以法莲·察利克说。2016年，他和他的同事开发了一种实验室检测方法，将常见的呼吸道症状与病毒性、细菌性或非感染性病因联系起来。它的原理是每种病原体都会激活一组不同的基因，改变它们的RNA或蛋白质产量，而这种检测可以从小血样中发现这些明显的“基因表达”特征。
该团队最近与一家名为BioFire的公司合作，加速了这项检测，使其在一小时内产生结果。这项新流程在600多名急诊室患者身上进行了测试，用于一项发表在《重症监护医学》上的研究，细菌感染的识别准确率达到80%，病毒感染的识别准确率接近87%。察利克评估的一种常见的实验室检测方法的准确率约为69%。其他方法需要耗时的培养，或者只能确认医生决定检测的特定病原体。
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斯坦福大学计算免疫学家普尔韦什·卡特里说，快速和综合地检查基因对病原体反应的技术是最近才开发的，他没有参与这项研究。PCR方法扩增RNA是关键的分析步骤，现在可以在15到20分钟内完成。卡特里共同创立了Inflammatix公司，该公司即将发布自己的快速检测方法，“以判断是否存在感染，可能是哪种[病原体]引起的感染，并提供有关严重程度的信息。”
圣路易斯华盛顿大学儿科传染病专家格雷戈里·斯托奇说，帮助限制呼吸道感染抗生素过度使用的工具“可能对遏制抗生素耐药性的上升产生巨大影响”，他没有参与这项研究。斯托奇希望，尽管来自不同人群和患有某些既存疾病的人可能会表现出不同的基因表达模式，但未来的工作将考虑到这些差异，以确保所有人的结果都可靠。