2022 年 6 月，当我从美国高级政府官员那里听到猴痘（当时的猴痘）已得到控制时，我摇头叹息。当时，我在纽约的挚友，我曾在电话里和他交谈过，他感染了猴痘。
我知道政府官员错了。如果他们不是彻底撒谎，他们至少也在利用缺乏可用检测来尽量缩小不断蔓延的疫情。我的朋友描述说，直肠内病变的剧烈疼痛让他感觉每时每刻都像在“拉玻璃渣”。疼痛和发烧使睡眠几乎不可能。
现在，上个月发表在新研究证实了我们当时已知的情况：在 2022 年 7 月之前，缺乏检测导致全球猴痘传播被严重低估。我们当时就应该掌握关于疫情的遗传信息，并且在下一次爆发时应该更早地掌握这些信息，以拯救生命并防止不必要的痛苦。
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猴痘是一种皮肤感染，由西非和中非国家的地方性病毒引起。几十年来，猴痘疫情——从刚果民主共和国 (DRC) 到尼日利亚——规模和频率都在增长。2022 年，猴痘蔓延到全球，病例数现在接近全球 10 万例。这次全球爆发主要通过性行为传播，并且主要在酷儿性网络中传播。
作为一名活动家和分子生物学家，我是一个庞大联盟中的一小部分，该联盟揭穿了 CDC 早期关于猴痘检测的数字，并呼吁对其进行彻底改革。CDC 和其他政府机构准确报告称，经批准的实验室每周可以进行超过 8,000 次猴痘 PCR 检测。然而，我们发现这些检测分散在病例极少的州，而纽约市和旧金山等酷儿人口众多的城市的实验室每天的检测能力却少至20 次检测。到 2022 年 7 月中旬，当商业实验室开始检测时，仅纽约市就报告每周有超过500 例猴痘阳性检测。
最近发表在 Cell 杂志上的一项系统发育分析追踪了 2022 年的猴痘疫情，证实了其早期的、未被发现的传播。系统发育学类似于家谱，通过它们最后的共同祖先将物种或个体联系起来：例如，人类和黑猩猩在大约 1200 万年前分化。系统发育学还可以追踪更近期的、相当快速的事件，例如病毒进化。
分子系统发育学从 DNA 或 RNA 序列开始。DNA 包含四个“字母”的信息：A、C、G 和 T。突变是这种代码的变化。在大多数情况下，生物学家已经证明，突变以有规律的速度发生，充当“分子钟”。更多的突变意味着病毒之间更大的进化距离。突变也像标记一样起作用，其中从 C 到 T 的变化可能区分出特定病毒在人群中传播的所有后代。
该报告的主要作者，病毒学家 Miguel Paredes 告诉我，“即使在[检测可用性]前几周知道社区中存在病毒传播，实际上也可能在减少美国猴痘病例总数方面带来很多好处。”
2022 年 6 月，在纽约，我的朋友知道他可能感染了猴痘。他的初级保健医生拒绝了他，医生对他进行了细菌性性传播感染检测（结果为阴性）。在急诊室，当我的朋友极度痛苦时，一位医生建议他患有直肠癌，并告诉他下周去看专科医生（他没有患直肠癌）。一周多后，当市卫生部门最终介入时，PCR 检测证实了我们都知道的情况：他感染了猴痘。
如果系统发育分析能够实时可用，那么公共卫生官员或许会采取更迅速的行动，就像他们在 2020 年华盛顿大学的研究人员提醒当地官员COVID 在社区传播时在该地区所做的那样。
无论如何，在猴痘爆发早期，仅流行病学就提供了足够的证据来加强检测、疫苗接种和社区教育。我想知道可以预防多少病例——尤其是美国有多少例猴痘死亡病例，其中大约90% 发生在患有未经治疗的 HIV 感染的黑人酷儿人群中。
虽然猴痘在全球范围内有所消退，但在刚果民主共和国，一种更致命的病毒株目前正在不受控制地传播并导致数百人死亡——超过了 2022 年全球死亡人数的总和。在刚果民主共和国，猴痘通过密切接触，尤其是在家庭中和性接触传播。大多数确诊病例发生在儿童中。我们在当前的疫情爆发中几乎没有病毒序列信息——因此也无法构建系统发育树。
David O’Conner 是威斯康星大学麦迪逊分校的病毒学家，他告诉我，COVID 最初增加了研究人员和公共卫生官员之间的合作。他担心，在我们这个所谓的后 COVID 世界中，我们正在回到公共卫生和学术界“与早期 [SARS-CoV-2] 大流行期间相比，重叠更少”的基线状态。
系统发育学可以很容易地区分自 2022 年以来在全球范围内传播的猴痘毒株和现在在刚果民主共和国引起致命疫情的毒株。CDC 在 2024 年 2 月下旬报告的一周数据包括 18 例猴痘病例——其中没有一例包含有关它们来自哪个毒株的信息。洛杉矶县正在对猴痘阳性病例进行测序，并在几周内将数据提交给研究人员。洛杉矶县的序列允许进行类似于 Cell 报告的研究的实时分析，即使是 2024 年的病例也是如此，但在我居住的纽约市，缺乏用于类似分析的数据。系统发育学受到测序的数量、时间和地点的限制，并且仅来自少数资源充足的美国机构的信息本质上是有偏差且不具代表性的。
美国的实时基因组分析不仅可以估计正在进行的猴痘聚集性病例的大小（尤其因为可能存在无症状病例），还可以确定有多少病例是本地传播与旅行的结果。在刚果民主共和国，这些类型的分析同样可以估计当前疫情的规模，并确定人与人接触感染的比例与来自小型啮齿动物（疑似动物宿主）的溢出感染的比例。
仅仅在全球猴痘传播两年后，我们已经在重蹈过去的覆辙。虽然 CDC 编制了关于美国最常见的 SARS-CoV-2 变体的每周数据，但这些经验教训尚未应用于其他传染病。没有关于猴痘进化或测序的面向公众的数据站点。
Paredes 直言不讳地说：“没有监测”，他在谈到猴痘检测和测序时，包括在非洲，“真的无视了很多可以预防的痛苦和死亡。”他担心，鉴于疫苗免疫力减弱，猴痘可能会再次在全球范围内传播。
世界对刚果民主共和国当前疫情的反应在很大程度上是冷漠和沉默。Paredes 和他的团队报告的系统发育分析的惊人见解仍然只能在疫情的后视镜中看到。根据最近的一份报告，仅在 2024 年头两个月，刚果民主共和国就有 218 名 15 岁以下儿童死于猴痘。在洛杉矶，所有猴痘阳性检测都进行了全面测序。在刚果民主共和国，一旦患者死亡，甚至不使用 PCR 检测来确认猴痘。
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