在美国国立卫生研究院 (NIH)，大型科学正面临巨大压力。21世纪初的辉煌日子已经过去，当时五年内机构预算翻了一番，使其能够建立数十个拥有自己大型专项预算的项目。自三月份以来，强制性的政府削减开支（称为自动减支）已经从 NIH 本已紧张的预算中削减了 5%。现在，各研究所所长正在评估这些耗资巨大的遗留项目的未来，并关闭其中一些项目。鉴于目前的环境，所长们正在思考，他们有限的资金是否能更好地用于资助竞争性拨款申请，目前超过 80% 的申请被拒绝。
“在充满财政挑战的时期，我们有责任退后一步，审视我们如何投资资金，”乔恩·洛施说，他于八月份接管了位于马里兰州贝塞斯达的国家普通医学研究所 (NIGMS)。他说，预算紧缩促成了他对削减项目的决定，并且他所在研究所的首要任务应该是资助研究人员提出的研究，而不是 NIH 设计的项目。
变革已经开始。九月份，NIGMS 宣布将逐步取消蛋白质结构计划 (PSI)，该计划自 2000 年以来每年获得约 7000 万美元的专项资金，用于开发结晶蛋白质和预测其结构的方法。11 月 1 日，该研究所宣布，其药物基因组学研究网络（研究基因如何影响药物的有效性）将失去受保护的预算，该预算在其 13 年的生命周期中为其带来了 4.04 亿美元。
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NIGMS 的一个咨询委员会的结论是，PSI 是成功的，但已经走到了尽头。洛施说，药物基因组学领域在 2000 年研究网络开始时还是新兴领域，现在已经足够成熟，其科学家可以与其他领域的拨款申请者有效竞争。“现在是时候让这些东西飞起来，获得自由了。”
对于那些认为 NIH 应该发放更多小额拨款的研究人员来说，NIGMS 的例子是受欢迎的。特别是 PSI，一直备受争议。在其第一阶段，资金在九个结构生物学研究联盟之间分配，每个联盟每年将继续生产数十个蛋白质结构——其崇高的目标是最终预测自然界中可能存在的大部分氨基酸序列的结构。
史蒂文·阿尔莫是纽约阿尔伯特·爱因斯坦医学院的晶体学家，也是其中一个联盟的负责人。他说，该计划加速了机器人结晶系统和自动化高通量结构筛选等技术的发展。他补充说，所有结构生物学都受益于这些进步，以及已存入 PSI 结构生物学知识库的数千个已解析的蛋白质结构（自然出版集团与 NIGMS 合作维护该数据库）。
但布兰代斯大学位于马萨诸塞州沃尔瑟姆的晶体学家格雷戈里·佩茨科反驳说，PSI 产生的许多结构都基于理论模型，结果与生物学功能无关。他说，如果 PSI 的预算转而资助数百名个体研究人员，让他们各自竞争研究特定结构，他们可能会提出更多相关的蛋白质。他很高兴该计划正在关闭。“在其心脏上钉上木桩，将其埋葬在装满其本土土壤的棺材中——尽一切努力阻止它再次崛起，”他说。
部分是由于此类批评，PSI 在 2010 年改变了方向，开始了新的阶段：PSI:生物学，该阶段指导四个中心研究生物学家认为特别重要的结构。例如，阿尔莫的小组现在正在研究参与免疫系统的蛋白质，以寻找可能用作药物或药物靶点的分子。他很失望 PSI 在新阶段刚刚变得富有成效时就被关闭。“我们拥有独特的资源，并且我们有能力开始以强大的方式应用它，”他说。
但贝塞斯达美国细胞生物学学会执行主任斯特凡诺·贝尔图齐表示，NIGMS 做出了正确的决定。他认为，战略性地削减开支以取消整个项目，比削减所有项目并削弱所有人要好。
这种方法也适合贝塞斯达国家神经疾病与卒中研究所 (NINDS) 所长斯托里·兰迪斯，该研究所已经开始了此类变革。2009 年，NINDS 只能保证为其收到的前 9% 的拨款申请提供资金。因此，兰迪斯说，该研究所开始密切关注大约在 2000 年左右开始的大型、长期遗留项目，并结束了大约 15 个效率低下或过时的项目。这在过去四年中为该研究所节省了约 3000 万美元。结束无效的临床试验又节省了 9200 万美元。NINDS 现在保证为 14% 的拨款申请提供资金。
“问题不在于大型科学，而更多在于确保我们有效地管理我们的资金，”兰迪斯说。的确，NINDS 不会很快放弃大型项目：有争议的脑计划旨在开发绘制神经回路的技术，可能会在 2014 年从 NIH 获得 4000 万美元的资金——其中大部分来自 NINDS。
尽管如此，紧张的预算似乎确实在加强 NIH 启动的各个大型项目的更高标准（参见 D. SarewitzNature502,595; 2013）。宾夕法尼亚州匹兹堡大学个性化医学研究所所长、前 NIGMS 所长杰里米·伯格说，这才是应有的做法。伯格不认为更多的钱必然会产生更好的科学：2010 年，他进行了一项分析，发现资金适中的中型实验室效率最高（参见 Nature468,356–357; 2010）。
然而，伯格不希望大型科学消失。他说，总有一些问题只能通过大型计划来解决——这些项目只需要有明确且相关的目标。“我的强烈感觉是，NIH 的目标是努力促进 NIH 的使命，即改善国民健康，”他说。“这不是科学家的就业计划。”
洛施说，NIGMS 在未来一年可能会有更多变化，但他强调，这不会是大型科学和小实验室之间的战斗。“人们建立了研究者发起的项目与团队科学的二分法，但这并不是我们正在进行的对比，”他说。而且，中等规模的类别可能有增长空间。洛施说，NIGMS 正在研究新的资助机制，例如具有多位首席研究员的拨款，以及由来自不同领域的科学家组成的“超级团队”。