威尔·莱特 (Will Wright) 在开发备受赞誉的电脑游戏《孢子》时，采访了几位生命科学家。他询问他们，自然界实际上是如何完成他试图在游戏中模拟的东西的——其中包括生命早期阶段的发展及其进化。（该游戏的一些广告牌标语是“进化从 Spore.com 开始。”）莱特咨询的科学家包括加州大学伯克利分校的遗传学家迈克尔·莱文 (Michael Levine)；芝加哥大学的古生物学家尼尔·H·舒宾 (Neil H. Shubin)；以及宾夕法尼亚大学医学院的外科医生汉塞尔·斯特德曼 (Hansell Stedman)。
但是，尽管投入了大量研究，《孢子》在复制自然选择进化的内在运作机制方面，表现出喜忧参半的成功。从积极的方面来看，在游戏和现实世界中，个体之间都存在竞争：达尔文著名的“生存斗争”。两者中，更适应的生存下来，适应性较差的则被淘汰，复制了适者生存的基本进化原则。在游戏和现实生活中，简单的实体发展成更复杂的实体，这种模式是达尔文进化论的一个常见特征，尽管不是必然的特征。最后，在《孢子》和自然界中，生命形式往往是两侧对称的，尽管现实生物（如变形虫）以及《孢子》中的一些单细胞生物也存在例外。
《孢子》包含五个发展阶段：细胞、生物、部落、文明和太空。然而，实际运作的进化与《孢子》的动画版本之间存在一些显著差异。首先，在游戏的“细胞”和“生物”阶段，生物体在实现某些目标时会赢得“DNA 点数”。进化到更高的存在级别是获得 DNA 点数的问题，就像旅行者积累飞行里程以努力前往某地一样。相比之下，在现实世界中，生物体通过随机基因突变、有性繁殖和其他机制进化，而不仅仅是通过积累 DNA。
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其次，在游戏中许多决定性时刻，玩家会被给予狭窄的选择范围，并且被迫从预定义的可能性菜单中进行选择。例如，在细胞阶段，你必须选择发展成食肉动物还是草食动物。在现实世界中，任何进化道路岔路口的可能性范围都 гораздо 更大、更丰富且更不确定。
一般来说，进化以小步慢速进行。尽管理论家们对进化变化的精确速率存在争议，《孢子》的移动速度却相对较快，在许多情况下是以巨大的飞跃方式进行的，整个身体部位——手、脚、下巴、眼睛、四肢——被嫁接到生物体上并平稳地融入其功能中。这些奇迹是由“生物编辑器”执行的，这是一个应用程序，允许用户从预制、预组装的身体部位调色板中进行选择，每个身体部位都可以通过几次快速的鼠标点击附加到生物体上。当然，这些零件箱中的各种物品本身并没有进化，而是由游戏创作者设计和储备的。
进化是一个分支过程，多条血统同时并行运作。当单人玩时，《孢子》本质上是线性和一维的，玩家控制单个细胞或生物的活动。（在“部落”阶段，玩家控制几个部落成员的行为，但这些样本现在在生物学上是固定的，不再发生大小和形状的变化。）然而，当在线玩游戏时，玩家与其他《孢子》玩家互动，并且可以从“孢子百科”下载他们的作品，“孢子百科”是大量生物（以及建筑物、车辆甚至音乐等无生命物体）的集合。凭借此功能，《孢子》接近了自然界中实际发现的并行级别。
这就引出了《孢子》与自然选择进化之间最大的区别，即进化是一种没有意识“选择者”的涌现现象，而《孢子》显然有一个：用户。正是用户在每个关头选择或反对事物：身体部位、特征、行为、颜色、纹理、图案、形状。《孢子》实际上根本不是通过自然选择进行的，而是通过人工选择进行的。事实上，将玩家置于全能创造者的位置，使得这款游戏更像是对智能设计的模拟，而不是对现实世界达尔文选择的模拟。
《孢子》很可能成为终极电脑游戏，电脑动画的最高水平。您可能会觉得它令人着迷或无聊，复杂或愚蠢，更像迪士尼而非达尔文。
然而，这是一种对某些人具有特殊吸引力的娱乐方式。行星科学家弗兰克·德雷克 (Frank Drake) 是德雷克方程的作者，该方程用于估计我们星系中可能存在的外星文明数量。他说：“我认为这对孩子们来说是个好游戏。它将在他们的头脑中植入这样的想法：地球（和其他地方）的生物并非总是相同的，物种来来去去，并且总的来说，生物的复杂性随着时间的推移而增加。反过来，这应该鼓励他们中的许多人学习科学，而最终，这可能是这款游戏的最大好处。”
注：本文最初的标题为“孢子的科学”。