随着国会勉强达成一项最终协议，以维持政府运转至1月15日，全国各地的研究人员表示，由于长达16天的停摆，他们的工作（其中一些已经因预算削减而受损）将遭受持久的损害。
其中一些损害将是显而易见的。据报道，研究人员不得不对大量实验室小鼠实施安乐死，并修改预算计划以适应延误。其他影响将更为微妙。“研究是一个迭代的过程，并且经常发生‘顿悟’时刻，”美国公共卫生协会执行主任乔治斯·本杰明说。“我们将永远不知道错过了多少这样的‘顿悟’时刻。”
健康监测可能需要一段时间才能恢复。每年秋季，美国疾病控制与预防中心都会开始监测流感，识别新出现的流感毒株并制定疫苗接种计划。停摆迫使该机构让8,754人休假——约占其员工的三分之二——削弱了该机构监测流感和支持州及地方监测工作的能力。范德比尔特大学医学院的流感专家、国家传染病基金会前主席威廉·沙夫纳说，疾病控制与预防中心现在应该会收到来自各州的大量请求。“当政府重新开放时，将会出现大量的请求，因为[各州]都在观望，并且会有一个积压需要评估。”
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在停摆期间，许多试图在血癌、儿童癌症和艾滋病毒方面取得进展的项目，其基本实验室操作陷入了停滞，随着政府重新开始运作，可能会产生连锁反应。例如，国家儿童健康与人类发育研究所的胡安·博尼法西诺的实验室发现了一种特定蛋白质在无症状感染发展为艾滋病过程中的作用，但由于停摆，对一类新的潜在艾滋病毒药物的测试不得不停止。由于停摆，一项针对血癌的新疗法的试验也无法启动。
停摆的影响还威胁到跨境蔓延。公共利益科学中心食品安全项目主任卡罗琳·史密斯·德沃尔说，关闭导致许多联邦资助的科学家无法参加国际会议。与跨大西洋消费者对话的布鲁塞尔会议原定于月底举行，该对话将来自大西洋两岸的消费者组织聚集在一起讨论食品和知识产权，但没有美国代表承诺出席。她说：“目前尚不清楚我们是否能得到美国政府的代表。”
本杰明说，随着当前的协议在1月份失效后，再次面临政府停摆的威胁，一些研究人员可能会犹豫是否重新开始工作。他说，人们担心研究人员可能需要在关键阶段再次中断工作，导致数据丢失和成本飙升。“你的研究资助不会仅仅因为它要花费你x更多的钱来做这个项目而增加，”他说。“在某些情况下，为该项目花费比预期更多的钱可能实际上会完全改变研究的进行方式。”