神创论者最喜欢的论点之一是，像眼睛这样精巧的装置——具有调节光线的虹膜、聚焦晶状体、光敏细胞分层视网膜等等——不可能从达尔文进化论中产生。随机突变怎么可能自发地创造和组装没有独立用途的部件呢？“半只眼睛有什么用？”神创论者嘲笑说，声称该器官是上帝存在的最直接证据。
事实上，即使是查尔斯·达尔文在《物种起源》中也承认，眼睛似乎对他的理论提出了异议。然而，通过观察化石记录、胚胎发育阶段以及现有动物中各种类型的眼睛，自达尔文以来的生物学家已经概述了可能导致我们所知的眼睛的渐进式进化步骤。
我们眼睛的基本结构在所有脊椎动物中都是相似的，甚至包括七鳃鳗，它们的祖先在大约5亿年前与我们的祖先分道扬镳。因此，澳大利亚国立大学的特雷弗·兰姆说，到那时，眼睛的所有基本特征一定已经存在了。但是，脊椎动物最接近的亲属，黏糊糊的盲鳗——一种具有软骨颅骨但没有其他骨骼的动物——只有 rudimentary 的眼睛。它们是皮肤下的圆锥形结构，没有角膜、晶状体和肌肉，其功能可能只是测量盲鳗生活在深海泥泞海底的昏暗环境光。
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兰姆认为，我们的眼睛很可能是在我们的谱系与盲鳗的谱系分离后进化而来的，大约在 5.5 亿年前。早期的动物可能在大脑上有感光细胞片，以区分光明与黑暗以及白天与黑夜。然而，如果这些斑块像盲鳗一样重新形成为袋状结构，动物就可以区分光线来自哪个方向。进一步的小改进将使粗略图像的可视化成为可能，就像鹦鹉螺的针孔相机眼睛一样，鹦鹉螺是一种软体动物。晶状体最终可能从增厚的透明皮肤层进化而来。关键在于，在每个阶段，“不完整”的眼睛都比其前辈提供了生存优势。
生物学家计算，所有这些变化可能仅在 10 万代内出现，这在地质学上只是眨眼之间。这种快速进化可能是必要的，因为许多无脊椎动物正在发展自己的眼睛。“那里有一场真正的军备竞赛，”兰姆说。“一旦有人有了眼睛并开始吃你，逃脱它们就变得重要了。”