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抛开伦理方面的考虑，克隆的一个主要问题是克隆动物是否与正常受孕的动物一样健康。到目前为止，证据好坏参半。一些克隆牛的健康状况良好，但多莉患有早发性关节炎，许多克隆动物都很肥胖。根据《自然遗传学》杂志今天在线发表的一份报告，从体细胞克隆的小鼠表现特别差。事实上，研究发现，克隆小鼠的寿命明显短于自然出生的同类。
日本东京国立传染病研究所的绪方敦夫及其同事克隆了十二只雄性小鼠，并将它们的发育情况与通过自然交配或体外受精（IVF）出生的具有相同遗传背景的动物进行了比较。第一只克隆小鼠在 311 天后死亡，10 只在 800 天内死亡。相比之下，七只自然受孕的小鼠中只有一只在 800 天内死亡。体外受精小鼠的平均寿命也比克隆动物长。
研究人员确定，克隆动物患有严重的肺炎和肝功能衰竭，这些疾病并未影响对照组小鼠。他们还发现第二组克隆小鼠的抗体产生减少，这表明克隆动物的免疫系统在抵抗感染方面的能力不如普通动物。但是，由于其中两只克隆动物仍然存活并且可能达到正常寿命，科学家们警告说，克隆寿命可能取决于多种因素，包括遗传背景和用作供体的细胞类型。