反对派领导人贝娜齐尔·布托遇刺身亡，武装分子的挑衅以及公众对佩尔韦兹·穆沙拉夫总统政府的不安，都引发了人们对巴基斯坦稳定及其核武器安全的质疑。而一个紧张的邻国更加剧了这些担忧。今年1月，在印度一枚导弹成功在孟加拉湾上空击落另一枚导弹的几周后，一位官员宣布，印度可能在2011年前部署针对弹道导弹的防御盾牌。
通过寻求抵御其顽强对手，印度可能在无意中增加了地区核 exchange 的风险。此外，麻省理工学院的国防分析家西奥多·波斯托尔认为，“如果爆发这样的战争，导弹防御可能会使印度遭受更大的破坏。”
长期以来，专家们一直认为印度次大陆是世界上首次核 exchange 最有可能发生的爆发点 [参见 M. V. Ramana 和 A. H. Nayyar 的文章“印度、巴基斯坦与炸弹”；《大众科学》，2001年12月]。自从印度在1974年开始核军备竞赛以来，巴基斯坦对每一项发展都采取了针锋相对的回应。这种努力似乎对巴基斯坦有所回报：1999年，当巴基斯坦派遣准军事部队越过边境时，印度击退了袭击者，但没有追击到他们境内，据报道是因为受到原子报复的威胁。
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印度的规划者现在已经决定，导弹防御盾牌是解决他们自酿苦果的答案。他们在布什政府那里得到了盟友，布什政府去年达成了一项协议，允许印度从国际来源购买铀用于其民用反应堆。如果协议通过，印度将能够处理其所有国内铀用于军事用途，每年在其目前的库存（估计为600公斤）基础上增加60至100公斤武器级钚。此前，在2005年，美国曾提议与印度分享军事技术，包括导弹防御技术。此后，来自世界各地的官员和军事承包商蜂拥至新德里，希望能出售防御系统的组件。
许多科学家已经指出了弹道导弹防御固有的缺点 [参见 Richard L. Garwin 的文章“导弹盾牌上的漏洞”；《大众科学》，2004年11月]。例如，这种防御系统无法区分诱饵和真正的威胁。在南亚，短距离放大了这些问题。“你不太可能指望可靠地拦截任何东西，”普林斯顿大学研究核扩散和全球安全的物理学家齐亚·米安认为。印度国防研究与发展组织声称，其计划中的防御盾牌将在雷达探测到敌方导弹后三分钟将其摧毁。
早期预警雷达，例如印度从以色列进口的一种雷达，可以在导弹发射后110秒内探测到导弹并确定其航向。但米安以及班加罗尔环境与发展跨学科研究中心的物理学家 M. V. Ramana 和德里贾瓦哈拉尔·尼赫鲁大学的 R. Rajaraman 表示，从巴基斯坦空军基地以低弹道发射的弹道导弹可能在短短五分钟内到达新德里。
这可能导致技术人员没有足够的时间来判断警报是否真实。美国科学家曾经花了八分钟才确定苏联发射警报是虚假的。事实上，当涉及到早期预警系统时，误报是很常见的。一群鹅或大气湍流事件可能会愚弄雷达，而太阳的异常反射可能会欺骗卫星红外探测器。在1977年至1988年期间——这是唯一发布数据的时期——美国平均每年记录到2600次来自苏联的弹道导弹发射误报。即使印度仅仅通过发射拦截导弹来应对误报，巴基斯坦也可能将这种行动解读为攻击。
此外，在印度获得早期预警雷达后不久，巴基斯坦测试了一种巡航导弹，波斯托尔认为这种导弹是从1999年袭击阿富汗恐怖分子训练营期间落在巴基斯坦的一枚美国战斧导弹逆向工程而来的。这种导弹在其整个飞行过程中都有动力，可以贴地飞行以躲避雷达。为了应对印美核协议，巴基斯坦已开始建造一座用于生产钚的反应堆，这可能会产生足够小的弹头以安装在巡航导弹上。巴基斯坦还拥有弹道导弹，其前部有效载荷部分装有小型翼片。这些结构可以增加机动性，使弹头极难拦截。
尽管如此，“攻击者总是担心导弹防御可能会比他想象的更有效，”波斯托尔指出，并且将发射比必要更多的弹丸，以确保至少有一些能够穿透。他提出了避免核大屠杀的另一种方法。两国都应分散和隐藏其导弹，并授权偏远哨所的指定将军在政治领导人在首次打击中被消灭时发动报复性打击——并让对方知道。这样，两国统治者都可以确信，核冒险将导致他们的家园成为历史。与导弹防御不同，相互确保摧毁至少是一种经过时间考验的方法，可以使核武器保持在枪套中。