近年来，研究生殖器微生物组的科学家们将重点放在男性艾滋病发病率与阴茎微生物组（生活在阴茎上的微生物群落）之间可能存在的联系上。
许多研究调查了包皮环切术如何影响男性的艾滋病发病率，但很少有研究关注阴茎微生物组。2007年的一项研究表明，男性包皮环切术与乌干达男性艾滋病发病率降低之间存在关联，而2010年的一篇论文发现，包皮环切术与艾滋病阴性男性阴茎上的厌氧菌（在缺氧区域，例如包皮下可能发现的区域中繁殖的微生物）减少有关。在本周发表在mBio上的一项研究中，研究人员试图通过调查和量化阴茎微生物组中厌氧菌与艾滋病风险之间的关系来跟进这些研究。研究结果表明，某些微生物菌株可能会增加未割包皮男性感染艾滋病的风险。
在这项新研究中，来自乔治华盛顿大学（G.W）、约翰·霍普金斯大学、北亚利桑那大学、多伦多大学和拉卡伊健康科学项目的研究人员团队使用了在乌干达拉卡伊从182名未割包皮的异性恋男性身上采集的阴茎拭子，这些男性的年龄在15岁至49岁之间，这是为期两年的大型临床研究的一部分。在研究期间，接受拭子采样的男性中有46人感染了艾滋病，而136人仍未感染。主要作者、乔治华盛顿大学的流行病学家辛迪·刘说，对于他们的研究人群（低收入国家，女性到男性的传播），估计男性在与艾滋病阳性伴侣发生一次阴道性交后感染艾滋病的绝对风险为263分之一，这比发达国家相同人群的绝对风险（2380分之一）高出950倍。
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研究人员专注于生活在阴茎包皮下的10种厌氧菌株，这些菌株平均占受试者阴茎细菌的62%。科学家们比较了后来感染艾滋病的男性与那些仍然没有感染艾滋病的男性的基线厌氧菌群，并调整了包括安全套使用和性伴侣数量在内的风险因素。研究开始时，在两年内感染艾滋病的男性，其阴茎厌氧菌的种群数量较大，包括普雷沃氏菌属、狄氏菌属、动弯菌属、村内氏菌属和消化链球菌属，而那些在此期间没有感染病毒的男性则没有，该团队发现。该团队分析了阴茎微生物组与艾滋病风险之间的关系，发现平均而言，每种细菌菌株的种群数量增加10倍，受试者感染艾滋病的风险就会增加，增幅从29%（对于村内氏菌属）到63%（对于普雷沃氏菌属）不等。
研究人员认为，一些男性艾滋病感染率较高与观察到的某些阴茎厌氧菌数量增加与免疫细胞的生化“求救信号”——细胞因子的产生增加有关。根据刘的说法，“细胞因子可以发挥诸如将免疫细胞招募到包皮等作用，而免疫细胞本身就是艾滋病毒感染的靶标。”
与艾滋病感染风险增加相关的细菌菌株可能不仅限于阴茎。乔治华盛顿大学的遗传流行病学家、该研究的资深作者之一兰斯·普莱斯说，除了强调厌氧菌在包皮上的高数量与细胞因子产生增加之间存在艾滋病风险增加的关联外，他还认为这些厌氧菌群可能在性交期间在伴侣之间传播。刘和普莱斯共同撰写的2015年论文支持了这样一个可能性，即在男性包皮下发现的许多相同的厌氧菌（如普雷沃氏菌属和狄氏菌属）也与细菌性阴道病（由阴道细菌失衡引起的感染）有关。因此，这些微生物可能会在性交期间在伴侣之间传播。“我们知道细菌性阴道病也与艾滋病传播有关，”普莱斯说。“现在，你又多了一个可能通过性传播的艾滋病风险因素。”
华盛顿大学全球健康教授贾里德·贝顿（他没有参与这项研究）说，这篇论文对包皮环切术与艾滋病感染风险之间的关联具有重要意义：“[研究人员]帮助我们理解了未割包皮的男性感染艾滋病的多种机制，以及包皮环切术如何改善了一系列健康风险，其中最突出的是艾滋病。”（然而，还需要进一步的研究，因为这项研究只涉及了未割包皮的男性。）
开普敦大学的艾滋病免疫学家克莱夫·格雷（他也没有参与这项研究）说，这项新工作生成的数据使研究人员能够假设“阴茎周围的微生物组，尤其是冠状沟（阴茎头后面的顶部凹槽）周围的微生物组，可能是一个风险因素。”他补充说，刘和她的同事仍然需要确定厌氧菌和炎症性细胞因子之间的生物学联系。他认为他们可以通过培养厌氧菌“并在体外实验中确定这些培养的细菌是否可以刺激细胞因子的产生”来做到这一点。