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当医生想要确定感染背后的病毒时,他们通常会求助于聚合酶链反应 (PCR),这是一种将分散的 DNA 片段“扩增”成足够大的样本进行研究的方法。然而,要使用 PCR,医生必须知道要寻找哪种病毒,这需要猜测。
今年 9 月,哥伦比亚大学的研究人员团队描述了一种可以消除这种猜测的新方法。这项技术有一个不幸的名字,叫做“脊椎动物病毒病毒组捕获测序平台”,或 VirCapSeq-VERT,它可以近乎完美地准确地找到给定唾液、组织或脑脊液滴中的每种病毒。该方法可以在不到 48 小时内同时分析 21 个样本,估计每个样本的成本仅为 200 美元。它还可以检测新的或变异的病毒,只要它们与已知的病毒至少有 40% 的相同。“当有人进入急诊室并最终进行各种检查时,需要花费数千美元,”哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院约翰·斯诺流行病学教授 W. 伊恩·利普金说。“这种方法非常便宜,并且可以通过准确告诉您您患有什么疾病来实现个性化医疗。”
为了开发这项技术,利普金和他的同事首先创建了一个包含 1,000 多种脊椎动物病毒的数据库。然后,他们合成了基因探针,以匹配每种病毒的每种毒株——共 200 万个探针,每个探针都是 25 到 50 纳米长的 DNA 链。当探针遇到匹配的病毒时,它会与之结合。为了提取这些病毒,实验室工作人员在混合物中添加直径为 1 到 3 微米的磁珠;化学连接剂将磁珠与基因探针以及它们捕获的病毒结合起来。然后,研究人员将装有混合物的试管插入磁力架中,磁力架将探针拉到试管壁上。在研究人员分离并清洗探针-磁珠-病毒组合后,他们对病毒进行基因测序,从而消除了假阳性的风险。利普金和他的同事现在正寻求与商业供应商合作,以便将该技术推广到世界各地的医院和诊所。他们还计划添加针对所有已知传染性细菌和真菌的探针。