尽管中国对家禽进行了大规模疫苗接种，但禽流感病毒仍在不断进化。研究人员报告称，去年从中国南方家禽市场收集的样本显示，一种病毒变体已从单个省份向外蔓延，并取代了该地区其他毒株。这一结果对迄今为止为控制该病毒而采取的措施提出了质疑，公共卫生官员担心该病毒可能引发致命的全球流感大流行。
2004年初，H5N1禽流感病毒从中国家禽传播到南亚，此后在远至欧洲和北非的鸟类中也发现了该病毒。原则上，对家鸡和其他鸟类进行疫苗接种可以限制病毒的传播，从而限制其进化为更具传播性的形式。考虑到这一目标，中国去年11月宣布将开始对140亿只家鸡接种H5N1疫苗。
然而，中国和美国研究人员在10月30日《美国国家科学院院刊》在线发表的一篇论文中报告称，自那时以来，该病毒似乎在家禽中的存在更加根深蒂固。研究小组在2005年7月至2006年6月期间，从中国南方六个省的活禽市场收集了5万多只看似健康的鸟类的样本。他们在2.4%的鸟类中发现了H5N1，主要是在家鸭和鹅中，而前一年这一比例为0.9%。
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为了确定持续传播的来源，研究人员选择了390份来自受感染鸟类的病毒样本，确定了它们的基因序列，并将这些序列与已知病毒变体进行了比较。一种来自福建省的毒株，在2005年9月之前采集的鸟类中仅占3%。然而，在2006年4月至6月期间，类似福建的病毒导致了95%的感染。“这意味着病毒仍在进化，”论文共同作者、位于孟菲斯的圣犹大儿童研究医院的罗伯特·韦伯斯特说。“这意味着问题没有得到控制。”该小组指出，自去年11月以来，中国报告的22例人类禽流感病例中，都分离出了福建变体的分支，并且该毒株已使老挝、马来西亚和泰国的鸟类患病，并在这些地方也感染了人类。
研究人员推测，中国疫苗的弱点可能使以前的局部变体得以广泛传播。他们分析了76只鸡的血清样本，以检测针对三种H5N1变体（包括类似福建的毒株）的抗体迹象。抗体的存在表明疫苗已生效。几乎所有样本对其他两种变体的抗体都比对福建病毒的抗体多两到四倍，这表明给鸡接种的疫苗对该毒株的效力较低，研究人员指出。俄亥俄州立大学的兽医研究员理查德·斯莱蒙斯说，这一结果凸显了除了疫苗接种之外，还需要采取其他措施。韦伯斯特同意，如果将监测接种疫苗的鸡与后续监测作为更广泛计划的一部分，那么前者可能是有效的。越南已对其家禽进行了疫苗接种，今年没有出现新的人类禽流感病例。