当滔天巨浪从海面升起，于周五猛烈冲击菲律宾时，它造成了立竿见影的破坏，摧毁了整个城市，瘫痪了群岛中部的医院和交通。据报道，数千人死亡或流离失所。
远在天边的沿海社区早已习惯太平洋的强大冲击，但台风海燕仍然将其夷为平地。海燕是目前有记录以来最强烈的风暴之一，持续风速在每小时 320 公里左右，阵风达到每小时 370 公里，横扫街道。贝尼尼奥·阿基诺三世总统周一宣布进入国家灾难状态，突显了这个国家遭受的破坏，该国上个月也遭受了 7.1 级地震的袭击。当国际机构争先恐后地为受台风影响地区运送住所和物资时，该国正面临严峻的公共卫生危害。
风暴摧毁了该国的一些现代化医院，包括马尼拉东南约 580 公里的塔克洛班市的地区医院，那里的基本医疗用品被冲入大海。援助组织的首要任务是分发基本药物，以控制糖尿病等慢性病。工作人员还在努力安置住所、提供安全饮用水和卫生设施，即便该国还面临本周晚些时候热带风暴的额外威胁。该国的偏远地区，如萨马岛最南端的吉uan市，仍然无法进入。
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风暴碎片使街道无法通行，阻碍了肿胀尸体的移除，加剧了心理创伤。尸体本身不会构成太大危险——它们传播细菌性疾病的风险很低——但恶臭会影响社区和援助人员，阻碍救援工作。天主教救济会发言人汤姆·普莱斯说：“我知道菲律宾政府正在努力在这些地区最大限度地维持法律和秩序，民间社会正在努力带头[移除尸体]。”天主教救济会是一个在菲律宾工作了几十年的援助和发展组织。
援助组织现在正在谈论该国易受水传播疾病影响的问题。在人为或自然灾害发生后，恶劣的卫生条件和拥挤的环境可能会导致腹泻感染的爆发性蔓延，有时会造成致命后果。例如，如果该地区存在地方性霍乱水平，则可能发生霍乱爆发，菲律宾的情况就是如此。（霍乱也可能被输入，2010年海地地震后就发生了这种情况。）由产毒素性霍乱弧菌引起的肠道感染会在人类粪便与水混合时迅速传播。它会导致严重的脱水或因急性水样腹泻而死亡，有时伴有呕吐。
考虑到这一点，世界卫生组织强调，确保获得净水药片仍然至关重要，因为拥挤的生活条件会加速传染病的传播，从而加剧其他健康问题。随着民间社会团体和国际力量的介入提供帮助，他们面临着没有电力、安全甚至水资源的巨大挑战。“这就像去外太空旅行，”普莱斯说。“援助人员需要带入一切物资，甚至包括他们自己需要的，这正在拖慢一切速度。”
在台风路径上绵延数千公里的数百个城镇和村庄中，所有通讯都被切断，这使得准备援助物资变得困难。“目前，我们正在相对的信息黑洞中运作。我们从极少的信息中得知情况很糟糕。但最令人担忧的是我们看不到的情况，”无国界医生组织在菲律宾的紧急协调员娜塔莎·雷耶斯在一份声明中说。“老实说，没有人知道这些更偏远和乡村地区的情况如何，我们需要一段时间才能全面了解情况。”
“目前，我们只是试图将住所送入受灾地区。人们仍然露天而居，”普莱斯说。他的组织正准备分发 32,000 个主框架帐篷和 32,000 个卫生包——通常每个家庭一个包——其中包括净水药片、基本卫生用品、肥皂、牙膏和塑料桶等物品。
一旦住所和基本卫生设施到位，仍然会存在长期威胁。台风破坏的长期影响也引发了对菲律宾一些地区农业未来前景的担忧。联合国粮食及农业组织警告说，由于风暴破坏了该国大片渔场和稻田，这种破坏可能会使该国面临未来粮食安全的进一步风险。台风袭击时正值该国主要水稻种植季节的开始，该组织估计数十万公顷水稻已被摧毁。