在成为反政府抗议活动的焦点之前，马卢尔国家野生动物保护区是数十名科学家进行研究项目的场所，旨在研究俄勒冈州东部高沙漠地区的植物、动物和古代文化。尽管有迹象表明，随着对峙进入第四周，新闻发布时，只有四名武装分子仍在占领该保护区，这场磨难可能很快就会结束，但人们越来越担心民兵的活动可能会对保护区的生态系统和考古遗址产生长期影响。
马卢尔的独特之处在于它包含各种各样的环境，包括山艾树草原、盐漠灌木丛、柳树林、湿地、开阔的湖泊和潮湿的草地。这种多样化的生态系统吸引了数百种鸟类，人类至少在9800年前就开始猎捕它们。“这对科学、参观和观鸟者来说都是至关重要的场所，”美国鱼类和野生动物管理局（FWS）公共事务官员梅根·纳格尔说，“但当我们审视数千年来的土地利用情况时，它对我们人类和我们的文化历史也至关重要。”成千上万件史前和历史文物被保存在保护区的总部，这些文物提供了对居住在马卢尔的美国原住民和牧场主生活方式的见解。
西奥多·罗斯福于1908年创建了马卢尔国家野生动物保护区，原因在于该地区独特的生态系统和非凡的美丽，以及为了拯救迁徙的鸟类免遭猎杀至灭绝。该保护区是太平洋迁徙路线的重要组成部分，数百种鸟类使用这条迁徙路线，其中320种仍然经常光顾该地区。保护区的主要部分于1935年使用民用保护队（CCC）的资金购买，并于1942年再次扩建。在此期间，CCC修建了道路、桥梁、运河、水坝和围栏，目的是恢复栖息地，并使由FWS管理的保护区更容易进入和使用，以便每年接待超过10万名游客。
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据FWS称，今天，该保护区有25个活跃的生物监测项目。这些项目旨在提供有关环境和动物物种如何变化的信息。这种监测也有助于FWS就将放牧权租赁给牧场主做出决定，这是控制入侵草的重要工具。在该保护区进行的大部分科学研究涉及其种类繁多的植物和动物生命，但也包括重要的考古挖掘。
1月20日，保护区的考古工作成为占领者反对政府的投诉之一，当时民兵发布了一段视频，显示其领导人之一罗伯特·“拉沃伊”·芬尼克和其他人检查了从保护区回收的石器文物的纸板箱。芬尼克在周二与执法人员的对抗中丧生，他对文物的处理方式表示沮丧，并要求与伯恩斯派尤特部落建立联络，讨论将文物归还给他们。该部落的回应是制定了一项决议，呼吁美国内政部在最大限度内起诉武装分子，理由是联邦政府的条约义务。“我们与该部落有着长期关系，”马卢尔考古学家卡拉·伯恩赛德谈到原住民的后裔时说，“他们参与了我们在那里所做的每一项工作。”
目前，该保护区正在进行一项考古调查，以重新定位一些在20世纪70年代发现的地点，他们也在工作中发现了新的地点。该保护区的考古工作仅限于有被破坏危险的地点。伯恩赛德的理念是，最好为子孙后代保存保护区的考古遗址，而不是挖掘它们。
其中一个至今仍完好无损的地点恰好是武装分子正在占领的总部大楼。他们一直在这些建筑物周围的区域使用推土机。总部大楼和附近的史前遗址均被列入国家史迹名录。“如果那里的土壤受到扰动，它们很可能已经影响了史前资源，”伯恩赛德说。破坏列入名录的地点违反了1979年《考古资源保护法》，可能会增加武装分子面临的指控清单。
如果对峙没有像许多人希望的那样尽快结束，那么进一步的破坏即将到来，因为人们无法进入保护区进行简单的日常维护。例如，保护区湖泊和河流中的大部分水都来自附近山脉的融雪。“如果这些水没有得到适当的转移和管理，它会造成可怕的基础设施破坏，并毁坏我们的大量栖息地，”马卢尔的鱼类生物学家琳达·贝克说，她正在努力控制正在破坏鸟类栖息地的入侵鲤鱼的数量。每年的这个时候，维护人员通常都会修复运河、清理水坝中的碎屑、打开堵塞的灌溉管道，并普遍采取必要措施，以保持水控制系统的正常运行。
如果正常运行没有尽快恢复，自20世纪50年代以来保护区一直在努力根除的入侵鲤鱼（在减少其数量方面取得了进展）可能会重新蔓延到其他地区。鲤鱼会搅动它们所栖息的河流和湖泊底部的沉积物。许多鸟类需要用于筑巢和觅食的植物物种无法在由此产生的浑浊水中生存。自20世纪20年代鲤鱼入侵以来，在马卢尔繁殖的水禽数量下降了90%。此外，许多鸟类（如沙丘鹤）赖以筑巢的“潮湿草地”可能得不到足够的水。马卢尔野生动物生物学家费伊·希利将这种鹤类描述为“大型性感的鸟类”，是该保护区的主要观鸟景点之一。马卢尔有大约250对繁殖的鹤，约占太平洋迁徙路线沙丘鹤种群的20%。此外，没有足够的潮湿草地栖息地可能会对数千只依赖马卢尔作为觅食和筑巢地的迁徙鸟类产生重大影响。
“我们希望在鸟类安全返回之前结束这一事件，”FWS太平洋区域副助理区域主管米尔·科贝特说。主要的鸟类迁徙从3月份开始，每个人似乎都渴望开始准备工作。正如纳格尔所说，“人们希望恢复工作。”