关于现代人类与我们祖先之间是爱还是战争的问题，在几十年常常充满火药味的辩论中摇摆不定。目前，大多数试图从我们的基因组中解读史前史的研究人员认为，我们不包含过去物种的任何痕迹，我们都起源于一个在过去 10 万年内离开非洲的群体，并在没有杂交的情况下取代了所有其他人种，如尼安德特人。
然而，那些赞成另一种观点的人认为，问题正朝着他们希望的方向发展。亚利桑那大学的默里·考克斯说：“一些不符合近期单一起源于非洲的迁徙模型的现象正在浮出水面。” 考克斯认为，他和他的同事们发现了迄今为止最清晰的迹象，表明现代人类与直立人发生了交配，直立人是一种起源于大约 200 万年前的物种，许多人认为它在我们自身的谱系中占有一席之地。
支持“全能非洲人”的论据主要基于对 Y 染色体和线粒体的研究，线粒体是细胞内产生能量的结构，它有自己的小型基因组，并通过母系遗传。这些序列中的所有现代变异都追溯到非洲，并显示出相对近期的共同祖先。（缺乏明显的混合化石也支持了这一观点。）
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但是，考克斯说，我们亲属的基因还有很多其他地方可以隐藏。通过研究现代人类种群的遗传学，他和他的同事们偶然发现了一个 X 染色体区域，称为RRM2P4，该区域显示不同地方的人们之间存在巨大差异——这是古代基因分裂的迹象。为了确定该基因的起源，研究人员对大约 250 个人进行了测序，其中一半来自非洲，其余来自中国、中亚、西南欧的巴斯克地区和太平洋岛屿。
研究人员将基因序列之间的差异转化为它们分歧的日期，得出的结论是，RRM2P4 的各种形式最后一次共享共同祖先是在大约 200 万年前——大约在直立人从非洲迁徙到亚洲的时候。而且最古老的变体似乎起源于亚洲，现在几乎只在那里发现。
考克斯认为，古老的年代和亚洲起源的结合是令人信服的。化石表明，直立人可能在亚洲存活到大约 3 万年前，与现代人类重叠了大约 1.5 万年。“这个基因最常见的地方正是你发现直立人化石的地方，”考克斯说，他在 1 月版的Genetics杂志上描述了这一发现。该团队还使用了新的统计技术来表明，该基因在亚洲而非非洲产生的可能性要大得多。可能性是
直立人和现代人类杂交更令人惊讶，他补充说，因为大多数研究人员认为没有证据表明我们与亲缘关系更近的尼安德特人交换过基因。
其他研究人员指出，许多因素都可能在人类群体之间造成深刻的基因分裂。没有人否认我们基因组的绝大部分具有近期的非洲起源。但这种主导地位使得很难分辨少量与其他谱系杂交的遗产可能是什么，以及可能只是巧合。斯坦福大学的遗传学家彼得·安德希尔解释说，在整个基因组中，即使某些群体大约在同一时间离开非洲，它们也会表现出很大的差异。“当你看到这些离群值时，它们真的是某些戏剧性事件的象征，还是仅仅是正常分布的极端值？对我来说，这仍然是一个悬而未决的问题，”他说。
或者，亚洲形式的 RRM2P4 可能存在于一个离开非洲但在非洲大陆后来灭绝的群体中。或者研究人员可能只是没有观察到足够的非洲人来找到它；事实上，考克斯和他的同事认为来自 H. erectus 的 DNA 序列存在于一位非洲人中。英格兰剑桥安格利亚鲁斯金大学研究考古遗传学的彼得·福斯特认为，这一发现表明亚洲RRM2P4可能起源于非洲。“在一个非洲人身上发现这种基因，大大破坏了这个故事，”他说，并补充说，“我不认为这是古代人类混合的令人信服的证据。”
考克斯反驳说，这位孤独的非洲人的RRM2P4序列与亚洲群体相同，这表明这个人可能来自最近的亚洲移民。该团队还获得了关于第二个 DNA 区域的初步数据，该区域也显示出同样古老的分裂，其中一个群体似乎完全是亚洲的。
牛津大学的遗传学家罗莎琳德·哈丁说，没有一个基因可以解决这个问题。然而，一些研究表明，人类基因组记录了一些惊人的种群间深刻分裂。例如，她的团队发现，血红蛋白基因的一部分似乎非常古老。如果古代序列的发现继续堆积，考古遗传学家最终可能会相信，我们所有人的血液中都有一点直立人的成分。