美国国立卫生研究院人类微生物组计划和最近的研究产生的海量基因组测序数据提供了强有力的证据，表明正如我们人类的基因从我们的父母和他们的父母，最终从我们遥远的灵长类祖先垂直传递下来一样，我们的微生物基因也是如此。
这种代际传递始于出生之时，当时，几乎无菌的胎儿在通过产道时暴露于母亲阴道中的微生物。 婴儿身上覆盖着母亲的微生物，吞下了一些，这些微生物成为肠道菌群的创始人。 婴儿还会用他们新的口腔微生物接种母亲的乳房，而母亲又将它们送回婴儿体内，同时还送回母乳中的成分，这些成分专门有利于祖先微生物。 因此，母亲的皮肤和口腔也是婴儿早期微生物的其他重要来源。
在幼儿早期，婴儿体内和体表的微生物多样性不断增长，到三岁时，它就相对接近成人水平。 微生物组正在发育且最具活力的最初三年，也恰好是婴儿的新陈代谢、免疫力和认知能力发育的时期。 儿童身心发育的阶段受到高度进化的模式和约束，动物实验表明，微生物的演替和早期肠道菌群的组装也是如此。
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问题就出在这里：肠道微生物组形成的非常过程本质上就涉及可塑性。 然而，必须存在界限——如果这些界限被跨越会发生什么？ 微生物组在多大程度上容易受到扰动？ 显而易见，强烈的威胁可能会延缓正常的微生物演替，但也可能导致特定分类群的灭绝。 由于演替过程和参与者的时间和组成都很重要，因此这些干扰有可能改变微生物群和婴儿发育的轨迹。
可能存在哪些类型的威胁？ 由于关键问题是微生物的代际传递及其定时的组装，因此有三个时期是相关的：怀孕前、怀孕期间和儿童早期。 对于所有这三个时期，抗生素的使用都是相关的，因为它可能直接改变转移前的母体微生物或之后的儿童微生物。 选择性剖腹产意味着孩子错过了产道运输，而肥皂和食物中的抗菌剂直接影响微生物群的组成。 婴儿配方奶粉的构建并没有受益于数百万年的哺乳动物进化，因为母乳中含有专门选择性促进首选共进化生物生长并抑制机会主义者和病原体的营养物质。
现代社会对早期微生物群的综合侵袭表明，我们的后代可能没有继承他们应有的份额。 正如越来越多的证据表明，超出发育中微生物群的可塑性可预测地会导致后果。 研究已将剖腹产以及产前和产后抗生素暴露与肥胖、糖尿病、乳糜泻、哮喘和过敏症等其他起源于发育的疾病风险增加联系起来。 这尤其成问题，因为这些暴露非常普遍。 我们现在必须评估如何有效地恢复我们失去的微生物组遗产。