干细胞科学因迫使社会重新考虑人类胚胎细胞和人类之间的界限而臭名昭著。鲜为人知的是，它也把我们推向了另一个可能令人惊讶地模糊的边界：将人类与动物分开的边界。干细胞促进了高级种间嵌合体的产生——即人类和动物细胞的活体拼凑体。这种生物的存在所引发的伦理问题可能会变得非常令人担忧。
在希腊神话中，嵌合体是一种结合了山羊、狮子和蛇部分的怪物。有了这样一个同名，实验室培育的嵌合体听起来像是纯粹科学傲慢的坏主意。然而，如果干细胞要实现治疗目的，它们可能是不可避免的。研究人员需要研究干细胞在体内如何表现和对化学信号做出反应。除非他们要在人体中进行这些有风险的首批实验，否则他们将需要自由地在动物身上进行测试，从而制造出嵌合体。
斯坦福大学的欧文·韦斯曼及其同事在1988年开创了这些嵌合体实验，当时他们创造了具有完全人类免疫系统的老鼠，用于研究艾滋病。后来，斯坦福小组和韦斯曼共同创立的StemCells公司还将人类干细胞移植到新生小鼠的大脑中，作为神经研究的初步模型。此外，内华达大学雷诺分校的埃斯梅尔·扎贾尼与胎羊合作，创造了成人动物，其全身都融合了人类细胞。
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随着动物体内人类细胞比例的增加，后果将如何，无人知晓。例如，韦斯曼和其他人设想有一天会制造出具有完全“人源化”脑组织的小鼠。这种嵌合鼠的律师发展计划和微小体积相当保证了它的智力不会与正常小鼠有太大差异。但是，如果将人类细胞放入黑猩猩的胎儿中会怎样？不能排除诞生不那么像野兽的东西。
组织的混合也可能使传染性动物疾病更容易传播到人类身上。跨越物种屏障的疾病可能尤其具有破坏性，因为它们的新宿主的免疫系统对这些疾病毫无准备（1918年的流感大流行被广泛认为是由禽流感病毒引起的）。
目前还没有关于嵌合体实验的国际标准。加拿大2004年的《辅助人类生殖法》禁止人兽嵌合体。美国没有正式的限制，但堪萨斯州参议员萨姆·布朗巴克在3月份提出立法，将禁止几种嵌合体，包括具有大量人类脑组织的嵌合体。一些提供人类干细胞的机构对允许进行的实验设定了自己的额外限制。
在美国，至少，美国国家科学院在4月下旬提出的关于干细胞使用的一般指导方针可能会产生更大的统一性。美国国家科学院建议通常允许涉及大多数动物物种的嵌合体。它敦促禁止在其他灵长类动物中使用人类细胞，以及将动物细胞引入人类囊胚。它还警告不要允许人兽嵌合体繁殖：一些人类细胞可能已经设法渗透到动物的睾丸和卵巢。繁殖这些动物理论上可能会导致可怕的（并且在大多数情况下，肯定会致命的）结果，即人类胚胎在动物母亲体内生长。