在基地组织恐怖分子于2001年9月11日将飞机撞向曼哈顿的世界贸易中心大楼两个月后，分析化学家约翰·巴特勒发现自己深夜还在实验室工作，开发DNA分析方法，以从世贸中心废墟中发现的数万具烧焦的人体遗骸中识别911遇难者。回想起来，他仍然清楚地记得，为了解决这个困难的问题，数十名研究人员被招募到一起，他们都怀着一种为国家需求挺身而出的感觉。“人们想挺身而出，帮助国家，”他说。
十年后，巴特勒在国家标准与技术研究院的个人努力已经发展成为一个大型研究小组，研究混合、降解或污染的DNA的法医学，美国在9/11事件后发展起来的专业知识也已出口到世界各地，用于识别非洲、亚洲、波斯尼亚和伊拉克的群体暴行受害者。
这只是9/11事件导致研究方向蓬勃发展的一个例子。科学家和科学政策专家表示，联邦政府对2001年恐怖事件（包括9月份的袭击事件和10月份的炭疽信件）的反应，对美国在法医学、生物防御、传染病、公共卫生、网络安全、地质学和基础设施、能源以及核武器等多个领域的研究产生了深远的影响。甚至社会科学也受到了“恐怖主义研究”的兴起以及对风险分析领域威胁的新强调的影响。
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这种转变的一个主要渠道是资金的可用性：美国国土安全部（DHS）于2002年由22个联邦服务机构合并而成，直接是对9月11日事件的回应，其科学预算在2006年达到13亿美元的峰值，之后又降至2011年的约7亿美元。包括国家科学基金会、国家卫生研究院和美国能源部在内的主要科学资助机构也投入资金进行出于安全考虑的研究（在2011年，总的国土安全（这个数字不是指国土安全部，而是指所有机构的国土安全资金）研究预算为73亿美元），并且与阿富汗和伊拉克战争相关的少量美国国防部资金也最终落入研究人员手中，例如，通过资助爆炸物探测和武器研究。
在生物防御方面，如此多的资金涌入科学领域，以至于康奈尔大学的科学与技术研究专家朱迪思·雷皮甚至考虑过是否（借用德怀特·艾森豪威尔总统在1961年创造的术语）出现了一个“生物医学-军事-工业复合体”，其中科学家、军方和游说者合谋试图保持资金来源。她驳斥了这个假设，认为美国的生物医学科学仍然主要是一项民用事业，但表示9/11事件引入了“警卫、枪支和门禁”的装饰，并增加了对可能被恐怖分子使用的病原体的研究的资助。
9/11事件后的一些变化涉及法规的增加。堪萨斯州曼哈顿的堪萨斯州立大学的兽医和传染病研究员，负责监督研究合规的杰里·贾克斯说，许多生物医学领域已经被如此多的新法规或对9/11事件前法规的加强执行所淹没，目的是防止研究人员和他们处理的材料成为安全威胁。他说，关于特定病原体（需要特殊设施和处理的病原体）以及生物样品和材料进出口的联邦法规，减缓了科学家进行对公共和农业健康重要的研究的能力。“有人说，我们正在通过监管来削弱我们进行这类研究的能力，我认为这有一定的道理，”他说。
而且，一个主要的困难是移民问题。《2001年美国爱国者法案》施加了严格的新签证要求，限制了来自世界各地的科学家和理科学生进入美国。美国科学促进会负责跟踪该问题的科学和政策项目主任艾伯特·泰奇表示，这个问题在2003年达到顶峰，但此后有所改善，特别是在科学协会向国会游说以及国家科学院的建议之后，国家科学院2009年的报告“超越“堡垒美国””和2007年的报告“超越汇聚的风暴”都是建议放宽规定的报告之一。但他说，这些政策对美国研究人员的合作和招募学生的能力产生了持久的影响。
泰奇补充说，安全问题在许多方面给美国科学蒙上了一层阴影，并指出在马里兰州贝塞斯达的国家卫生研究院先前开放的校园周围竖起了钢制安全屏障。“对我来说，”他说，“那个围栏是9/11事件对科学的非常戏剧性的视觉冲击。”