1950年4月1日，《纽约时报》刊登了一则耸人听闻的头版头条新闻：“美国审查氢弹数据；3000本杂志被焚毁。” 这篇报道的导语写道：“《大众科学》杂志的编辑杰拉德·皮尔昨天揭露……，抨击了原子能委员会的审查政策。” 文章继续报道说，政府销毁了物理学家汉斯·贝特原文的所有痕迹，熔化了印刷厂“令人反感的排字铅字”，然后将“完整的校样文件”连同那3000本印刷品一起焚烧。
皮尔是皮尔斯啤酒家族的后裔，是最早认识到核研究对武器制造影响的记者之一，他面临着审查、列入黑名单和监视。1943年至1944年，皮尔为《生活》杂志报道时，曾看到战时审查办公室发来的一份电报，警告该杂志某些主题，如“原子能”和“铀”，现已被列为机密。“我把那份电报当作一份阅读清单，”皮尔回忆道。在一次对皮尔的采访中，约翰·霍普金斯大学的罗伯特·W·伍德愤怒地谈到，一个秘密的曼哈顿计划正在大量订购他的光谱研究设备。然而，这位物理学家弄清了这项机密事业的目的。“他们正在制造最可怕的武器，”伍德告诉皮尔。
意识到“原子时代”正在来临，皮尔与《生活》杂志的亲密同事谈到了创办一份新的出版物，这份出版物应具有编辑独立性，以便就科学的用途进行知情的讨论。1948年，皮尔与《生活》杂志的伙伴丹尼斯·弗拉纳根和纽约的朋友小唐纳德·H·米勒一起，重新推出了奄奄一息的《大众科学》杂志，并采取了简单的编辑方针。由顶尖科学家向聪明的读者解释他们各自领域的发展，而《大众科学》的编辑则将他们晦涩难懂的文本翻译成通俗易懂的散文。这种编辑模式吸引了受过良好教育的读者，最终吸引了包括阿尔伯特·爱因斯坦、尼尔斯·玻尔和弗朗西斯·克里克在内的150多位诺贝尔奖获得者撰写文章。
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在皮尔从《生活》杂志招募同事后，当时是《时代》杂志高级编辑的著名告密者惠特克·钱伯斯告诉联邦调查局，“有三四个人离开了《时代》杂志，成为了《大众科学》杂志的编辑。” 他还报告说他们“可能是共产主义同情者”，并错误地补充说，“一笔神秘的补贴”变得可以用来购买《大众科学》杂志。
1950年，《大众科学》杂志通过对氢弹进行为期四部分的调查，加入了核辩论。在第一部分中，科学家路易斯·里德诺批评了制造这种毁灭性武器的决定，并谴责了“我们保密政策的破产”，该政策扼杀了公众辩论。一个月后，在1950年4月刊中，物理学家汉斯·贝特恳求寻找方法“将人类从这场最终灾难中拯救出来”，重新考虑总统制造新型超级炸弹的决定。由于他已在同事中传阅了他的草稿，原子能委员会（AEC）已看过该手稿，并电报杂志社，禁止出版贝特的文章，该文章已完成部分印刷。当皮尔要求提出具体异议时，原子能委员会回复说，任何细节都可能危及国家安全。在一次闭门对抗中，原子能委员会最终同意允许出版，但要进行一些“仪式性的删除”。
皮尔回忆说，在这个敏感时刻，米勒问原子能委员会的安全官员：“那么，我们如何处理已经印刷的3000本杂志？” 米勒随后建议：“上面有很好的碎纸机。但是，你知道，有人可能会把碎纸片重新拼凑起来。也许最好烧掉它，你不觉得吗？” 这些原子能委员会的安全人员对二战期间纳粹曾上演焚书事件的象征意义浑然不觉，他们麻木不仁地同意了。所有那3000本杂志都被焚烧了——这在美国几乎是史无前例的。更增加了这一行为的严重性的是，该期杂志刊登了爱因斯坦的一篇文章，提出了一个将物理学结合在一起的综合场论。
然而，皮尔仍然心神不宁。他的杂志是“一个非常脆弱的小机构”，发行量仅略高于10万。“原子能委员会或其中的某个人随时可以将此事泄露给众议院非美活动委员会或乔·麦卡锡，”他想，“我们就要完蛋了。所以我给《纽约时报》打了电话，说我有一个故事。”
这一事件成为了皮尔所说的“全国性的隔夜轰动”，保护了他免受泄露国家安全的指控。《泰晤士报》的一篇社论支持《大众科学》，警告说“审查员……有造成巨大危害的风险。”
皮尔的立场为他赢得了公众的钦佩和更严密的联邦调查局监视。特工报告说，皮尔和他的第一任妻子当时住在格林威治村，“积极参与‘第12街邻居争取和平组织’，该组织与斯德哥尔摩和平请愿书有关”，这是一个倡导禁止核武器的团体。
在麦卡锡时代对共产党人的政治迫害达到顶峰的1953年5月，一个参议院小组委员会传唤了《大众科学》杂志的执行编辑莱昂·斯维尔斯基。尽管怀疑斯维尔斯基曾是《时代》杂志秘密共产党小组的成员，但皮尔提供了熟练的法律咨询，使他得以毫发无损地从参议院听证会中脱身。
在1954年7月调查美国陆军内部所谓的共产党人时，参议院内部安全小组委员会传唤了《大众科学》杂志的推广主管斯蒂芬·M·费舍尔，他曾担任亨利·华莱士1948年进步党总统竞选的 press secretary。在皮尔提供的能干律师的帮助下，费舍尔通过承认自己是共产党党员，同时拒绝指名道姓，从而逃脱了起诉。但最具挑战性的安全案件是皮尔自己的案件。当皮尔被邀请担任美国公共卫生服务部门出版的一份期刊的顾问时，他的接受需要联邦调查局的安全审查。皮尔说，该局认定，“我是一个颠覆分子，对美国不忠诚。”
在上诉到忠诚委员会时，联邦调查局报告说，《大众科学》杂志“嘲笑了”罗森堡原子间谍案中的证据，皮尔说，“它确实嘲笑了。” 另一个缺点是他与哈佛大学天文学家哈洛·沙普利的友谊，沙普利是该杂志的撰稿人，也是一位和平活动家，他驳斥了参议员约瑟夫·麦卡锡对他不忠诚的指控，称其“不真实且含糊不清”。最后，联邦调查局的报告指控皮尔是美国劳工党的成员，这是一个与纽约市长菲奥雷洛·拉瓜迪亚结盟的进步团体，皮尔对此表示，“我当然是。” 尽管如此，他的名字还是从不忠诚的污点中被洗清了。
所有这些异议确立了该杂志在编辑独立性方面的声誉，赢得了订阅者和广告商。通过巧妙地操纵当时的历史力量——新闻自由与国家安全——杰拉德·皮尔使他的出版物成为冷战最寒冷时期美国科学政策批判性分析的重要论坛。