可能导致食物中毒的细菌种类潜伏在我们周围。当国际旅行以及在托儿所等难以保持清洁的地方时，这些细菌尤其容易感染。感染通常会自行清除，但有时需要住院治疗并大量服用抗生素才能清除。不幸的是，细菌对抗生素的耐药性正变得越来越强。
最新的坏消息来自四月，当时美国疾病控制与预防中心报告了一起宋内志贺氏菌爆发事件，该菌已对环丙沙星产生耐药性——环丙沙星是最后一种可以杀死这种细菌的口服药物之一。此后，《大众科学》的一项调查显示，这种令人担忧的菌株在首次出现一年后仍在在美国传播。
志贺氏菌通常每年在美国引起约 50 万例腹泻疾病和 40 例死亡。营养不良的儿童和免疫系统受损的人尤其容易发展成重症病例。症状包括有时带血的腹泻、发烧和腹痛，通常持续约一周。
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这种细菌在美国自然存在，但到目前为止，人们通常在国际旅行时感染环丙沙星耐药菌株。然而，在目前的疫情爆发中，许多患病的人最近没有出过国，这证明了多重耐药性细菌现在已在美国国内牢固立足。
美国疾病控制与预防中心已确认，根据《大众科学》独家获得的数据（见下方图表），从 2014 年 5 月到 2015 年 5 月，全国范围内发生了 275 例环丙沙星耐药性志贺氏菌病例。尽管这些数字看起来很小，但它们几乎肯定只代表了环丙沙星耐药性病例真实数量的一小部分。志贺氏菌感染应该向美国疾病控制与预防中心报告，但许多患病的人不会去看医生。而那些去看医生的人有时也不会接受志贺氏菌检测，更不用说耐药性检测了。
弱势群体是这次疫情中最受打击的一些群体，包括与托儿中心、旧金山无家可归者和费城艾滋病毒感染者相关的病例。少至 10 个志贺氏菌细菌就可能引起感染——这使得这种细菌几乎无法察觉，因为它会在受污染的食物和水中或人与人之间迅速传播。
该病原体过去克服的其他药物包括氨苄西林、链霉素和四环素。美国疾病控制与预防中心水源性疾病预防部门的医疗官员、四月份研究的主要作者安娜·鲍文表示，美国疾病控制与预防中心已在此次疫情中发现了一些病例，这些病例对目前所有可用的口服治疗方案都具有耐药性。下一道防线是更广谱、更昂贵的抗生素，必须通过注射或静脉输液给药。
虽然实验室可以检测环丙沙星耐药性，但目前还没有标准化的检测方法来确定志贺氏菌感染是否对阿奇霉素耐药，阿奇霉素是儿童的首选药物。（美国食品和药物管理局仅批准环丙沙星用于成人。）“几乎没有临床实验室进行此类检测，”鲍文说，“因此，患者正在被有点盲目地治疗，因为提供者不知道阿奇霉素是否是合适的选择。”
报告的滞后时间是另一个问题。例如，旧金山正在追踪的病例数量几乎是美国疾病控制与预防中心确认为该市病例数量的两倍——228 例病例对 119 例。旧金山公共卫生部传染病控制与预防主任科拉·胡佛表示，他们有稍微不同的病例定义，因为作为负责调查此次疫情的城市机构，他们希望确保所有可能的患者都被识别出来；而且确认病例需要很长时间。公共卫生官员通常会跟进每位患者，而实验室检测可能需要数周时间。
确认志贺氏菌病病例既具有抗生素耐药性又是同一次疫情的一部分可能需要大约一个月的时间，尽管时间长短不一。一般来说，一旦医生确定了志贺氏菌感染，他或她会将其报告给城市或州公共卫生机构，并将粪便样本送到实验室以确认诊断。实验室培养细菌，并在大约一周内将结果报告给医生和机构。然后，卫生机构将病例报告给美国疾病控制与预防中心，美国疾病控制与预防中心通过国家抗菌素耐药性监测系统及其国家实验室网络PulseNet 对部分病例进行抗生素耐药性检测。PulseNet 对样本病例进行的基因检测结果可以在几周内完成。
当单个病例的完整情况得到确认时，患者通常已经好转。费城市公共卫生部疾病控制部门主任卡罗琳·约翰逊表示，她的部门通常怀疑病例是疫情的一部分，但在完整结果出来之前无法确定。
美国疾病控制与预防中心肠道疾病实验室分部和 PulseNet 的负责人彼得·格纳-施密特表示，实验室将逐渐摆脱必须培养细菌才能识别它们的情况。随着基因检测变得更便宜、更容易获得，州实验室最终将能够通过确定每个样本的完整 DNA 序列来获得该信息。他说，这种方法有望更快地揭示抗生素耐药性，但这可能需要数年时间才能广泛使用这些检测方法。
由于多重耐药性志贺氏菌的威胁日益增加，美国疾病控制与预防中心和其他卫生机构建议医生仅对重症病例开抗生素。志贺氏菌病实际上可以通过适当的补水和休息自行清除。预防因此是控制耐药性志贺氏菌的最佳武器，鲍文说，特别是因为美国无法监管其他国家的抗生素过度使用，但这仍然会影响这里的患者。
她说：“任何地方的抗生素耐药性问题都是所有地方的抗生素耐药性问题。”“在抗生素耐药性方面没有国界，我们都必须保持警惕。”