知名遗传学家在热门预印本网站发布研究结果

群体生物学家正越来越多地转向 arXiv,这个在物理学家中已经很受欢迎的平台,以获得更广泛的读者群和对研究结果的快速评审

来自《自然》杂志

预印本服务器 arXiv.org 也许最为人所知的是理论物理学家和天体物理学家的领地。但 2008 年,凝聚态物理学家大量提交了未发表的手稿或预印本,他们希望在快速发展的铁基超导体(称为 pnictides)领域抢占先机。现在,生命科学领域可能正处于他们自己的“pnictide 时刻”的风口浪尖,而群体遗传学家正引领潮流。

在过去一个月中,领先的研究小组已在 arXiv 上发布了关于南部非洲人1和欧洲人2遗传历史的备受瞩目的论文。其他著名的群体遗传学家也向该服务器提交了基于方法的论文,该服务器由位于纽约州伊萨卡的康奈尔大学托管。与物理科学预印本相比,该服务器上的生物学论文数量仍然很少(见“生物学开放”),但康奈尔大学的理论物理学家 Paul Ginsparg 对此表示欢迎,他于 1991 年创立了 arXiv(参考文献3),他希望这可能是一场巨变。


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“如果生物学家姗姗来迟地加入了 20 世纪末的行列,那真是太好了,”他打趣道。“欢迎参加派对;迟到总比不到好。”

生命科学论文几乎从 arXiv 成立之初就已存在,但生物学家通常避开这种方法,因为担心被抢先发表,或冒犯期刊。直到 2003 年,该网站才专门为定量生物学或简称“q-bio”的论文设立了一个版块。然而,过去发布到该版块的论文往往报告深奥的模型和方法,通常来自涉足生物学的物理科学家。

群体遗传学拥有丰富的数学知识和基因组学的开放数据传统,似乎是涉足预印本的理想候选者,预印本带来了速度和公开讨论的优势。“我在物理学界长大,”德国蒂宾根马克斯·普朗克发育生物学研究所的群体遗传学家 Richard Neher 说,“对我来说,将东西放到 arXiv 上是很自然的事情。”自 2004 年以来,Neher 已经合著了十多篇提交给 arXiv 的论文。

尽管有这样的例子,arXiv 上最著名的生命科学预印本之一来自微生物学,而不是群体遗传学。一篇预印本是对 2011 年《科学》杂志一篇论文的回应,该论文报告称,来自加利福尼亚州湖泊的盐单胞菌属细菌可以将砷掺入其 DNA4,该预印本于 1 月份5出现在服务器上,然后在本月6《科学》杂志上发表。然而,一位群体遗传学家仍然参与其中——该论文的合著者,来自新泽西州普林斯顿大学和霍华德·休斯医学研究所的 Leonid Kruglyak,在该领域工作。Kruglyak 说他将考虑将 arXiv 用于他实验室未来的研究。

另一篇由著名遗传学家提交的引人注目的论文于 7 月 23 日发布,比较了 22 个非洲人群的基因组变异,以表明南部非洲和东部非洲人民之间存在古老的遗传联系1。该论文的资深作者之一,马萨诸塞州波士顿哈佛医学院的遗传学家 David Reich,通常在《自然》杂志和《公共科学图书馆》期刊上发表文章,而加利福尼亚州斯坦福大学医学院的合著者 Carlos Bustamante 是该领域的领导者。Reich 说,同样在哈佛医学院的第一作者 Joseph Pickrell 建议使用 arXiv。Reich 和其他合著者认为没有充分的理由不将手稿发布在那里。“这可能是年轻一代进入并发现这种事情很自然的例子,”Ginsparg 说。

然而,加利福尼亚大学戴维斯分校的统计遗传学家 Graham Coop 说,对于大多数生命科学家来说,预印本仍然“更多的是涓涓细流”,而不是趋势。他和他的博士后、统计学家 Peter Ralph 于 7 月 16 日发表了一篇分析欧洲邻近人群之间遗传相关性的论文,Coop 对 arXiv 的潜力仍然持乐观态度。“生物学将很快不得不完全拥抱这一趋势:生物学比大多数领域更需要讨论、评论和预印本评审的速度,”他说。

然而,一些群体遗传学家仍然认为,那些发布到 arXiv 的人是在冒险。例如,华盛顿特区美国生态学会出版的一些生物学期刊明确禁止在可引用的公共档案中预先发表。并且还存在关于确定谁是第一个发现者的担忧。

但 Ginsparg 说,预印本更可能阻止科学家被抢先发表。在许多物理学领域,在 arXiv 上发表是声明优先权的关键,期刊审稿人可以使用该服务器来检查发现是否被正确归属。伴随所有 arXiv 论文的作者历史也允许科学家仲裁关于优先权的争议。自从 arXiv 成立以来的 21 年里,Ginsparg 已经看到天体物理学家、计算机科学家和其他人从怀疑论者变成了拥护者。“一旦一个社区采用 arXiv,它似乎就永远不会放弃它,”他说。

本文经杂志《自然》许可转载。该文章于 2012 年 7 月 31 日首次发表

Ewen Callaway is a senior reporter at Nature.

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