轮状病毒曾经感染大多数儿童，直到2006年广泛使用的口服疫苗问世。这种病毒会导致严重的腹泻，从而导致危及生命的脱水，每年仍在全球范围内造成超过45万儿童死亡，主要集中在亚洲和非洲，因为疫苗并非总是有效。阿姆斯特丹大学的凡妮莎·哈里斯想找出为什么这些地区的婴儿有如此高的所谓无反应者比例。她推测，或许居住在儿童大肠中的微生物发挥了作用。
哈里斯和她的同事，包括南亚的合作者，研究了66名巴基斯坦婴儿和66名匹配的荷兰对照组受试者，他们都接种了口服轮状病毒疫苗。荷兰的大多数儿童产生了预期的免疫反应，但巴基斯坦只有10名儿童产生了同样的反应。在接种疫苗前从每个婴儿身上采集的粪便样本的基因扫描显示，反应者肠道内的微生物多样性更高。他们还携带更多来自变形菌门的生物。
许多变形菌借助尾状鞭毛推进自身。这些尾部含有鞭毛蛋白，这是一种已知可以增强免疫细胞活性的蛋白质。埃默里大学医学院的免疫学家巴厘·普伦德兰说，体内大量存在这种细菌可以作为天然免疫和疫苗增强剂。他没有参与这项研究，该研究于3月份在科罗拉多州基斯顿研讨会上展示。
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去年，普伦德兰和他的同事证明了鞭毛细菌在流感疫苗成功中的作用。生活在无菌环境中、没有肠道细菌的小鼠，以及接种了非鞭毛细菌的小鼠，在接种疫苗后未能产生抗体，导致疫苗失效。然而，正常小鼠和仅接种了鞭毛细菌的小鼠则启动了典型的强烈免疫活动。该团队进行的一项小型后续人体研究可能很快会揭示，对于接受过三种不同广谱抗生素治疗的人来说，是否会出现相同的模式。
其他微生物因素也可能在起作用。2014年发表在《儿科学》杂志上的研究表明，孟加拉国婴儿肠道细菌的不同组成与对破伤风、结核病和口服脊髓灰质炎疫苗的反应相关。总而言之，这些研究表明，我们身体的本土细菌可能有助于决定我们对疫苗的个体免疫反应。这些发现最终是否会促成微生物组筛查或专门配制的益生菌补充剂，以便在接种疫苗前服用，仍有待观察。
尽管如此，更全面地了解居住在我们体内的所有微小生物，可能有助于科学家们在提高疫苗效力方面取得重大进展。而这些小小的进步可能会挽救成千上万的生命。