几个世纪以来，通过羽毛和其他解剖特征对鸟类进行分类为科学家提供了很好的帮助，但基因分析揭示了关于鸟类亲缘关系的详细世界。一个国际研究小组最近基于 48 个物种的完整基因组开发了一棵树，代表了每个主要的鸟类谱系——这是迄今为止对生命之树大型分支最全面的基因研究。这项大规模工作有 200 多名合作者参与，包括对牙齿的出现和消失、鸣禽学习的起源以及鸟类多样性爆发的时间的研究。
新的树状图证实了许多过去的观察结果，例如核心陆鸟的共同祖先。它还解决了一些有争议的联系。例如，谁能猜到鸽子和火烈鸟是近亲呢？
图片来源：Jen Christiansen；资料来源：Erich D. Jarvis 等人在《科学》杂志，第 346 卷，2014 年 12 月 12 日发表的“全基因组分析解析了现代鸟类生命之树的早期分支”（左侧树状图）；Bradley C. Livezey 和 Richard L. Zusi 在《林奈学会动物学杂志》第 149 卷第 1 期，2007 年 1 月发表的“基于比较解剖学的现代鸟类（兽脚亚目，鸟纲：今鸟亚纲）的较高级别系统发育”，第二部分（右侧树状图）Bradley C. Livezey 和 Richard L. Zusi 在《林奈学会动物学杂志》第 149 卷第 1 期，2007 年 1 月发表的“分析与讨论”（右侧树状图）
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除了 48 个鸟类基因组外，研究人员还对三个鳄鱼基因组进行了测序，以确定早期后代关系。
企鹅、鹈鹕和朱鹭与火烈鸟和䴙䴘（以及鸽子）的分离意味着水鸟的特征独立进化了多次。
由于陆鸟和水鸟的进化速度都很快，数据表明最初的祖先可能是生活在海岸线附近的鸟类。
鸡与第一只鸟类祖先共享最多的 DNA，其次是麝雉和鸸鹋。