蝙蝠是夜行动物，人们通常对它们抱有恐惧。乍一看，这些恐惧似乎有一定的医学依据。长期以来，蝙蝠被认为是狂犬病的传播媒介，它们可能是包括SARS、埃博拉、尼帕病毒、亨德拉病毒和马尔堡病毒在内的一些最致命的新兴病毒的起源。然而，研究表明，与其妖魔化蝙蝠，不如说这些疫情爆发的真正罪魁祸首可能是人为错误。
尼帕病毒和亨德拉病毒是最早与蝙蝠有关的新兴疾病。亨德拉病毒在其首次也是迄今为止唯一一次出现在澳大利亚时，夺走了三名受害者中的两名。与此同时，尼帕病毒在东南亚的多次爆发中已导致近200人死亡，对野生动物的血液测试表明，病毒来自最大的蝙蝠——狐蝠。
与SARS或严重急性呼吸系统综合征的联系不太直接。在2002年中国爆发的疫情期间，调查人员发现，果子狸和两个无关物种携带了SARS冠状病毒，促使中国政府大规模捕杀类似獴的果子狸。然而，随后的研究发现，野生或养殖的果子狸中没有广泛的SARS感染，这表明该疾病起源于另一种物种，并可能在那里潜伏。
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通过对尼帕病毒和亨德拉病毒的研究，澳大利亚动物健康实验室的病毒学家王林发知道，蝙蝠可能会从这些病毒中获得慢性感染，但不会生病，这使它们成为疾病的理想携带者。在亚洲的活体动物市场中，经常发现蝙蝠、果子狸和各种其他动物被关在一起。因此，王林发推测蝙蝠也可能携带SARS。
王林发和他的同事分析了来自中国的408只野生蝙蝠的血液、咽喉和粪便拭子。基因分析显示，五只蝙蝠（代表所测试的九种马蹄蝠中的三种）携带了与SARS密切相关的病毒。他们在去年九月报告说，这些冠状病毒内部的基因变异远大于人类或果子狸SARS中观察到的变异。因此，蝙蝠可能与这些疾病共存的时间更长，可能是其他物种中发现的冠状病毒的起源。
然后，在十二月，研究人员将果蝠与埃博拉病毒联系起来，自30年前首次有记录地出现以来，埃博拉病毒在野外的起源一直未知。在2001年至2003年加蓬和刚果共和国爆发的人类、大猩猩和黑猩猩埃博拉疫情期间，由加蓬法兰西维尔国际医学研究中心的病毒学家埃里克·M·勒罗伊领导的一个团队测试了约1000只动物。在研究的679只蝙蝠中，16只蝙蝠体内有埃博拉病毒抗体，另有13只蝙蝠的肝脏和脾脏中含有埃博拉病毒基因序列。这些序列显示出基因多样性，“表明埃博拉病毒可能已经在蝙蝠体内存在了很长时间，这表明蝙蝠可能是起源，”勒罗伊说。哥伦比亚大学病毒学家W·伊恩·利普金指出，科学家怀疑马尔堡病毒（埃博拉病毒的近亲）也起源于蝙蝠。
勒罗伊极力主张不应捕杀蝙蝠。王林发表示赞同，他指出蝙蝠发挥着重要的生态作用，例如捕食昆虫和其他害虫。此外，王林发指出，就蝙蝠而言，捕杀根本不切实际，因为蝙蝠可以飞走。对携带尼帕病毒的果蝠进行的卫星项圈追踪显示，它们可以在泰国、苏门答腊岛和马来西亚之间飞行，而与SARS有关的马蹄蝠的活动范围遍及亚洲、欧洲和澳大利亚。
预防未来疫情爆发的重点可能在于人类行为。正如SARS可能与动物市场有关一样，尼帕病毒也与侵占蝙蝠栖息地的猪圈有关。而生活在埃博拉病毒流行地区的人们会食用携带病毒的蝙蝠。纽约市保护医学联盟执行主任彼得·达萨克指出，了解蝙蝠可能携带危险病毒可能有助于预防流行病，该联盟研究新兴疾病与人类与环境互动之间的联系。达萨克说，将蝙蝠排除在野生动物贸易之外可能会大大降低SARS爆发的风险，或许可以为全球节省500亿美元的旅行、贸易和医疗保健损失“以及数百条生命”。