针对常见食源性病原体（如沙门氏菌、弯曲杆菌和大肠杆菌）的新型诊断测试可能会阻碍公共卫生官员检测多州爆发疫情的能力。问题在于无法追踪污染源。
2009年，科罗拉多州公共卫生与环境部的流行病学家艾丽西亚·克朗奎斯特注意到，她所在州的几家乡村诊所已从依赖培养基生长的传统实验室测试转向快速非培养测试。过去，当患者疑似患有某些食源性疾病时，医生通常会将粪便样本送到实验室，实验室会检测一系列潜在的细菌病原体。（某些食源性感染，如李斯特菌，通过血液测试诊断。）然后，会将分离物或致病细菌菌落的样本转发给地方、州或联邦官员，他们会对DNA进行测试以确定该生物体的特定菌株。具有指示性的DNA序列或“指纹”会被输入到PulseNet系统中，以便公共卫生官员可以查看来自其他新诊断患者的样本是否与数据库中的信息匹配。分析人们感染该特定菌株的时间和地点可以帮助找到污染源，从而使调查人员能够补救情况。
但是，克朗奎斯特说，在一年多的时间里，当地实验室进行的测试类型发生了明显转变，导致与她所在部门共享的信息大大减少。“我们看到我们的监测数据发生了变化，到2010年，近15%的病例报告使用了非培养测试，”她说。
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新测试确实有很多优点。它们为医生和患者提供更快速的结果。它们通常更便宜，并且在某些情况下，可能根本不需要粪便样本。更重要的是，其中一些测试可以发现培养基测试无法发现的病原体，并诊断出更多感染。
例如，田纳西州州流行病学家蒂莫西·F·琼斯指出，大肠杆菌的培养测试会寻找O157菌株，该菌株是产生志贺毒素的细菌之一；该菌株臭名昭著地导致了今年菠菜食物中毒的爆发。“使用新的快速测试，”他说，“我们实际上可以检测到整个类别的产志贺毒素细菌。快速测试正在检测我们以前会遗漏的其他细菌。”
但是，新测试的采用意味着像克朗奎斯特这样的卫生官员并非总是能获得进行DNA指纹识别所需的分离物，而DNA指纹识别对于帮助识别污染源（例如生菜中的大肠杆菌或生菠菜中的沙门氏菌）至关重要。
琼斯说，从这个意义上讲，“这些快速测试使我们回到了我们没有能力进行[DNA]指纹识别的时候。”
这种趋势尤其令人担忧，因为其他保护公众免受食源性疾病侵害的方法也遇到了阻碍。根据疾病控制和预防中心的数据，每年有六分之一的美国人（或4800万人）因食源性疾病而生病，3000人死亡。美国公共利益研究集团上个月底发布的一项研究表明，问题并未改善，部分原因是像《食品现代化安全法案》这样的法律继续在白宫管理和预算办公室停滞不前。一项联邦监测计划——美国农业部的微生物数据计划，该计划对农产品进行病原体检测——于11月12日开始关闭。
Quest Diagnostics公司传染病医疗主任杰伊·M·利伯曼表示，新测试的广泛采用意味着公共卫生官员将需要想出新的方法来监测和应对新的疫情。Quest Diagnostics为美国大约一半的医生和医院提供服务。例如，卫生官员将需要与实验室合作，找出如何获得分离物或找到另一种方法来表征病原体。
“通过连接病例，我们可以发现我们可能没有发现的食品供应问题，”CDC肠道疾病实验室分支副主任约翰·贝瑟说。“我们面临的挑战是开发一种测试，该测试将提供我们需要的所有信息，而无需进行分离物步骤。这是一个重大的挑战，但我们都相信这是可行的。”
目前，没有人致力于开发可以帮助公共卫生官员追踪疫情的测试，尽管包括雅培实验室、BD、Cepheid和Luminex在内的多家公司继续开发新的非培养测试。贝瑟说，他预计实验室会在这些测试上市后迅速采用它们。对于实验室而言，新测试意味着更快、更便宜的结果，并且需要更少训练有素的员工。
尽管追踪与食源性疾病相关的病原体的问题是新的，但在开发用于检测性传播疾病淋病的非培养测试时，也提出了类似的担忧。
Quest公司的利伯曼解释说：“就淋病而言，现在几乎所有测试都通过非培养技术完成。”为了应对这种巨变，CDC设立了一个监测项目，使其能够以新的方式监测趋势。在美国28个城市的指定实验室中，每月从前25名被发现患有尿道淋病的男性采集的样本中进行培养并提取分离物。凭借这一有限的数据集，公共卫生官员仍然可以跟踪疫情，同时允许更广泛地使用新的非培养测试。
尽管该程序在淋病方面运作良好，但它是否也适用于食源性疾病仍是一个悬而未决的问题。
CDC的贝瑟说，这一切的讽刺之处在于，用于食源性病原体的新测试可能比旧测试更好，但如果它们扰乱了公共卫生系统，它们“可能会导致更多人生病。这是意想不到的后果。”