首个非洲古代基因组研究发现错误

关于非洲大部分地区拥有欧亚血统的发现是错误的

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一项错误迫使研究人员撤回他们之前的声明:整个非洲的人类都携带遗传自欧亚移民的DNA

本周,作者们发布了一份说明,解释了他们 2015 年 10 月在《科学》杂志上发表的关于来自埃塞俄比亚的一名 4500 年前男性基因组的研究论文中的错误——这是来自非洲的第一个完整的古代人类基因组。该男子以莫塔洞穴命名,他的遗骸在那里被发现(关于最初的发现,请阅读以下文章:“首个非洲古代基因组揭示了大规模的欧亚移民”)。

尽管第一批人类大约在 10 万年前离开了非洲,但 2013 年发表的一项研究发现,大约在 3000 年前,一些人又返回了非洲;这种逆向迁徙在非洲基因组中留下了痕迹。


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在《科学》杂志的论文中,研究人员证实了这一发现。该论文还表明,整个非洲大陆的人口仍然保留着来自中东农民的显着血统,这些农民是逆向迁徙的幕后推手。东非的人口,包括居住在莫塔洞穴附近的埃塞俄比亚高地人,携带的欧亚血统水平最高。但该团队还在西非和中非的一个俾格米人部落(姆布蒂人)中发现了“回流”迁徙的痕迹。

英国剑桥大学的人口遗传学家,该研究的共同负责人安德里亚·马尼卡表示,该团队在得出结论认为回流到达了西非和中非时犯了一个错误。“3000年前左右的运动仅限于东非,”他说。

不兼容的软件
马尼卡说,当他的团队将古代埃塞俄比亚男性的遗传变异与参考人类基因组中的遗传变异进行比较时,发生了错误。所使用的两个软件包之间的不兼容导致一些埃塞俄比亚男性与欧洲人共享的变异(欧洲人的DNA构成了人类参考序列的大部分)从分析中被移除。这使得莫塔人看起来与现代欧洲人口的亲缘关系比实际的要远——反过来,这使得当代非洲人口看起来与欧洲人的亲缘关系更近。马尼卡说,研究人员确实有一个脚本可以运行来协调这两个软件包,但有人忘记运行它了。

马萨诸塞州波士顿哈佛医学院的人口遗传学家蓬图斯·斯科格伦说,他对西非和中非族群多达6-7%的祖先来自欧亚移民的说法感到惊讶。但在从马尼卡的团队获得莫塔人的基因组后,他和他的同事大卫·赖希进行了自己的比较,发现没有证据表明该结论。他们通知了马尼卡的团队,后者随后发现了处理错误。

“几乎我们所有人都同意存在一些返回非洲的基因流动,而且这是进入东非的一次相当大的迁徙,”斯科格伦说。“但它没有到达西非和中非,至少没有以可检测的方式到达。”该错误也破坏了论文最初的结论,即许多非洲人携带尼安德特人DNA(遗传自与该群体杂交的欧亚人的祖先)。

斯科格伦称赞这篇论文——“基因组本身就很棒”,他说——以及研究人员愿意分享他们的数据并发布一份关于错误的快速说明:他们于 1 月 25 日在线发布了该说明。当被要求确认《科学》杂志是否以及何时会发布研究人员的更新时,《科学》杂志的一位代表表示该期刊尚无法发表评论。

马尼卡还不确定《科学》杂志是否会更改论文的标题,即“古代埃塞俄比亚基因组揭示了整个非洲大陆广泛的欧亚混血”。但如果团队早些时候发现这个错误,他说,“我确信我们会用不同的方式来措辞”。

本文经许可转载,首次发表于 2016 年 1 月 29 日。

Ewen Callaway is a senior reporter at Nature.

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