美国一项对10,000个肿瘤进行基因图谱分析的庞大计划已正式结束。癌症基因组图谱（TCGA）于2006年启动，最初是耗资1亿美元的试点项目，现在已成为国际癌症基因组联盟的最大组成部分。该联盟由来自16个国家的科学家合作组成，发现了近1000万个与癌症相关的突变。
问题是下一步该怎么做。一些研究人员希望继续专注于测序；另一些研究人员则希望扩大他们的工作范围，以探索已识别的突变如何影响癌症的发生和发展。
纽约冷泉港实验室主任布鲁斯·斯蒂尔曼说：“TCGA应该完成并宣布为胜利。总会发现与特定癌症相关的新突变。问题是：成本效益比是多少？”
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斯蒂尔曼是该项目的早期倡导者，尽管一些研究人员担心它会耗尽个人资助的资金。最初是一个为期三年的项目，后来又延长了五年。 2009年，它从美国国立卫生研究院获得了额外的1亿美元，以及旨在刺激全球经济衰退期间美国经济的1.75亿美元的刺激资金。
该项目最初进展艰难。当时，测序技术只能用于快速冷冻的新鲜组织。然而，大多数临床活检组织都固定在石蜡中并染色，供病理学家检查。马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所（NCI）癌症基因组学办公室主任路易斯·斯陶特说，寻找和支付新鲜组织样本的费用成为该计划最大的开支。
另一个问题是数据的复杂性。虽然少数“驱动因素”突出显示为癌症发展的可能因素，但大多数突变形成了令人困惑的遗传异常的大杂烩，肿瘤之间的共同点很少。针对驱动因素的药物测试很快揭示了另一个问题：癌症通常会迅速产生耐药性，通常是通过激活不同的基因来绕过治疗所阻断的任何细胞过程。
尽管存在这些困难，但马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学的癌症遗传学家伯特·沃格尔斯坦说，癌症研究的几乎每个方面都受益于TCGA。这些数据产生了新的肿瘤分类方法，并指出了以前未被识别的药物靶点和致癌物。但是一些研究人员认为，测序仍然有很多可提供的。 1月份，对21种癌症的突变数据进行统计分析表明，测序仍然有可能发现临床上有用的突变（M. S. 劳伦斯 等，《自然》杂志 505， 495–501；2014）。
12月2日，斯陶特宣布，一旦TCGA完成，NCI将继续对三种癌症进行密集测序：卵巢癌、结直肠癌和肺腺癌。然后，它计划评估这些额外努力的成果，然后再决定是否添加更多癌症。
扩大范围
但是这一次，这些研究将能够纳入有关患者健康、治疗史和对治疗反应的详细临床信息。由于研究人员现在可以使用石蜡包埋的样本，他们可以利用过去临床试验的数据，并研究突变如何影响患者的预后和对治疗的反应。斯陶特说，NCI将宣布一项征集提案，以使用TCGA建立的方法和分析管道对临床试验期间采集的样本进行测序。
国际癌症基因联盟的其余部分预计将于2月份发布第二波项目的早期计划，该联盟的联合创始人、加拿大多伦多安大略省癌症研究所所长汤姆·哈德森说，他们可能会采取类似的策略。他说，一些国家政府资助者热衷于控制医疗保健成本，他们已经接受了寻找使肿瘤对治疗产生反应的序列的重点。“癌症治疗非常昂贵。对我们来说，优先考虑的是确定哪些患者会对昂贵的药物有反应。”
NCI还在支持创建一个存储库，不仅用于存储其自身项目的数据，还用于存储国际项目的数据。斯陶特说，这旨在为更广泛的研究人员提供数据访问和分析工具。目前，癌症基因组数据约为20拍字节（1015字节），它们非常庞大且笨重，只有具有强大计算能力的机构才能访问它们。即使这样，仅下载它们也可能需要四个月的时间。
斯陶特承认，不能指望刺激资金来推动这些计划。但是他说，更便宜的测序和使用生物库活检的能力应该会降低成本。“基因组学是我们癌症研究中许多工作的中心，”他说。“现在我们可以以更有针对性的方式提出问题。”
本文经许可转载，并于2014年1月5日首次发布。