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兽医界多年来一直存在一个问题，现在也引起了内科医生的兴趣：引起猫抓病（一种通常症状轻微、类似流感的疾病）的细菌是否也会引起慢性疲劳综合征？ 数十年的病例报告暗示了疲劳、慢性头痛、麻木、疼痛和认知障碍与巴尔通体感染之间的关联。 然而，研究人员仍然没有明确的答案。
最近的研究发现，风湿病学家检查的296名患者中，有41%的人体内存在巴尔通体属细菌的DNA片段。 他们中的许多人曾拜访过多位专家，但症状仍未得到缓解。 该研究结果于2012年5月发表在《新兴传染病》杂志上，并在去年11月发表的两封致编辑的信中受到批评，信中表达了对患者纳入标准和被引为感染证据的低阈值的担忧。“在没有确凿证据的情况下，我们必须谨慎对待将疾病X、Y和Z归因于巴尔通体感染，”美国疾病控制与预防中心的医学流行病学家克里斯蒂娜·纳尔逊说，她补充说，研究结果很难解释。
使情况更加复杂的是病原体难以捉摸的生物学特性：它通过改变表面蛋白质和隐藏在血管内来逃避免疫系统的检测。 此外，该生物体会根据其是在哺乳动物宿主（如猫或狗）中还是昆虫媒介（如跳蚤或蜱虫）中而改变策略。“在理解巴尔通体方面，我们甚至还处于冰山一角，”加利福尼亚大学旧金山分校的医学教授简·科勒说。