2001年8月，当布什总统禁止使用联邦资金创建新的胚胎干细胞系时，他承诺可以使用60多个胚胎干细胞制剂来开发潜在的疾病治疗方法，以此来缓解对生物医学研究的打击。然而，随着这些细胞的问题越来越多，迫使美国食品药品监督管理局（FDA）考虑使用它们的材料是否对人体安全。
在2001年8月之前创建的被批准的胚胎干细胞系中，只有22个存活下来并仍然可供研究人员使用，尽管考虑到它们的年龄增长，其质量受到了质疑。这些细胞系本应是“不朽的”，但长期培养已知会导致其他细胞发生畸形，因此当国家卫生研究院登记的某些细胞系出现重大基因异常的报告时，科学家们并没有感到完全惊讶。其他登记的细胞系似乎只是失去了产生分化细胞类型的能力，或者只是缓慢地产生分化细胞。
自从美国政策生效以来，处理干细胞的方法已经有了很大的改进，研究人员认为，更新鲜的细胞系可以保持更健康的状态。特别是，今年推出的两种新型培养基消除了在小鼠“饲养”细胞床上培养胚胎干细胞的需求，而这种做法过去在所有政府批准的细胞系中都使用过。最近的一项研究证实，人们担心登记的细胞可能被小鼠分子污染，该研究表明，以这种方式培养的人类胚胎干细胞会吸收一种小鼠蛋白质并将其携带在表面。当暴露于人类血清时，带有这种蛋白质的胚胎干细胞会遭到针对该动物蛋白质的抗体的攻击并被杀死。
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尽管如此，总部位于加利福尼亚的Geron公司拥有九个政府批准的细胞系的权利，该公司表示将在2006年初向FDA申请批准，开始对人类进行脊髓修复的细胞试验。Geron公司总裁托马斯·奥卡玛（Thomas Okarma）确信，该公司的细胞在经过他所谓的“详尽的”“黄金标准”测试后是干净的。美国没有其他公司宣布正式申请在人体上试验胚胎干细胞衍生物，但据报道，明尼苏达大学干细胞研究所主任约翰·瓦格纳（John Wagner）去年告诉州议员，他的小组已经寻求FDA批准进行此类试验。瓦格纳拒绝透露更多细节。
美国食品药品监督管理局（FDA）也不会评论它收到了多少关于胚胎干细胞衍生物试验的申请，或者何时会做出裁决。动物污染的可能性并不自动排除在人体中使用登记细胞的可能性——猪心脏瓣膜的异种移植，甚至狒狒到人类的骨髓移植过去都获得了FDA的批准。一位发言人提供的唯一评论是，该机构的决定将基于拟议试验的科学合理性，而不是政治因素。