对冠状病毒大流行早期阶段的研究工作获得了一个令人惊讶的来源的帮助。一位美国生物学家“挖掘”出了部分 SARS-CoV-2 基因组序列，这些序列来自疫情可能中心武汉的早期，它们曾被上传到一个美国政府数据库，但后来被移除。
虽然科学家们强调，这些部分基因组序列并没有揭示其起源，但它们解决了关于冠状病毒 SARS-CoV-2 早期遗传多样性的进化难题。目前尚不完全清楚武汉大学的研究人员为何要求从序列读取档案库 (SRA) 中删除这些序列，SRA 是美国国立卫生研究院 (NIH) 下属的国家生物技术信息中心 (NCBI) 维护的原始测序数据存储库。
“这些序列是有信息量的，但并非具有变革性，”华盛顿州西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心的病毒进化遗传学家杰西·布鲁姆说，他在 6 月 22 日的预印本中描述了他如何恢复这些序列。
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布鲁姆在搜索大流行早期的基因组数据后发现了这些序列。2020 年 5 月的一篇研究论文包含一个公开可用的序列数据表，其中包括布鲁姆之前没有见过的条目。这些序列与一篇论文相关联，该论文中研究人员使用纳米孔测序技术来检测来自人体样本中的 SARS-CoV-2 遗传物质。该研究发表在《Small》杂志上，于 2020 年 6 月发表，并于当年 3 月发布在 bioRxiv 上。
当布鲁姆使用 2020 年 5 月论文中列出的详细信息在 SRA 中查找这些序列时，数据库没有返回任何条目。SRA 将序列保存在 Google 维护的云存储中，布鲁姆想知道他是否可以在云服务器上找到这些序列的存档版本。这种方法奏效了，布鲁姆能够从 50 个样本中恢复数据，其中 13 个样本包含足够的原始数据来生成部分基因组序列。
进化之谜
布鲁姆说，这些序列有助于解决关于大流行早期阶段的进化之谜。来自武汉的最早病毒序列来自 2019 年 12 月与该市华南海鲜市场有关联的个体，最初人们认为那里是冠状病毒首次从动物传播到人的地方。但是，与后来的序列（包括在美国采集的一个序列）相比，来自海鲜市场的序列与 SARS-CoV-2 在蝙蝠中最亲近的亲属（病毒最可能的最终来源）的关系更远。
布鲁姆说，这令人惊讶，因为人们会期望来自武汉疫情早期的病毒与 SARS-CoV-2 在感染蝙蝠的亲属关系最为密切。恢复的序列可能是 2020 年 1 月和 2 月采集的，结果表明情况确实如此——它们比来自与海鲜市场有关联的人的序列更接近蝙蝠病毒。
布鲁姆和其他科学家说，这增加了一系列越来越多的证据，包括关于可能追溯到 2019 年 11 月的病例的报告，表明首批人类 COVID-19 病例与华南海鲜市场无关。
“对我来说，武汉市场似乎是最早的超级传播事件之一，”宾夕法尼亚州费城天普大学的进化遗传学家苏迪尔·库马尔说。他补充说，布鲁姆发现的序列表明，SARS-CoV-2 在中国大流行的早期阶段（包括在武汉）发展出了广泛的多样性。
犹他州盐湖城犹他大学的病毒学家斯蒂芬·戈德斯坦指出，布鲁姆恢复的序列并没有被隐藏：它们在《Small》论文中被详细描述，并提供了足够的序列信息来了解它们与其他早期 SARS-CoV-2 序列的进化关系。“我不认为这篇预印本告诉我们很多新的东西，但它确实将公众可用的序列数据带到了前台，尽管它们之前并不引人注目，”戈德斯坦说。
布鲁姆说，尽管这些序列已经发表，但从 SRA 中移除意味着很少有科学家知道它们。世界卫生组织委托撰写的一份关于大流行起源的报告，在早期 SARS-CoV-2 数据的进化分析中并未包含这些序列。“没有人注意到它们的存在，”布鲁姆说。
《Small》论文的通讯作者没有回复《自然》新闻团队关于他们为何要求从 SRA 中删除这些序列的问题，删除发生在论文发表之前。美国国立卫生研究院在一份声明中表示，应研究人员的要求删除了数据，研究人员表示他们计划将数据提交到另一个数据库。
布鲁姆与他人共同撰写了一封信，呼吁重新调查大流行的起源，包括病毒可能从实验室逃逸或泄漏的可能性——他说他的研究没有揭示大流行的起源，也没有揭示为何移除这些序列。但他希望他的努力将鼓励研究人员“跳出固有思维模式”，并寻找其他来源，例如档案数据，以从大流行的早期阶段获取更多信息。“可能还有更多数据在那里，”他说。
本文经许可转载，并于2021 年 6 月 24 日首次发表。