西格蒙德·弗洛伊德关于梦的意义的观点构成了他心理功能理论的核心。马克·索尔姆斯和其他人声称，现代科学现在正在验证弗洛伊德的心灵概念。但类似的科学调查表明，弗洛伊德思想的许多重要方面可能是错误的。
对于弗洛伊德来说，梦的离奇性质源于心灵的精心努力，通过象征性的伪装和审查，来掩盖从无意识中涌出的不可接受的本能愿望，当自我放松其对睡眠中本我的禁止时。但是，大多数神经生物学证据支持另一种观点，即梦的离奇性源于大脑状态的正常变化。脑干中的化学机制，会改变大脑皮层各个区域的激活，从而产生这些变化。许多研究表明，化学变化决定了梦境视觉、情感和思想的质量和数量。弗洛伊德的伪装和审查概念必须被抛弃；没有人相信自我-本我斗争（如果它存在的话）控制着大脑化学。大多数精神分析学家不再认为伪装-审查理论是有效的。
如果没有伪装和审查，弗洛伊德的梦理论还剩下什么？不多——只有本能的冲动可能促使梦的形成。证据确实表明，激活产生焦虑、愤怒和欣快感的大脑边缘系统的部分会影响梦的形成。但这些影响不是“愿望”。梦的分析表明，梦中的情绪消极的频率与积极的频率一样高，这意味着我们对自己一半的“愿望”是消极的。而且，正如所有做梦者都知道的那样，梦中的情绪几乎没有被掩饰。它们清晰地进入梦境情节，经常带来不愉快的后果，例如噩梦。弗洛伊德始终无法解释为什么如此多的梦境情绪是消极的。
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弗洛伊德模型的另一个支柱是，由于梦的真实含义是隐藏的，因此它们反映的情感只能通过他漫无目的的自由联想方法来揭示，在这种方法中，受试者关联任何和所有想到的事物，希望偶然发现关键的联系。但是这种努力是不必要的，因为根本没有发生这种隐藏。在梦中，你所见即所得。梦的内容在表面上是情感上显著的，做梦者及其治疗师的密切关注足以看到它们代表的感觉。
索尔姆斯和其他弗洛伊德主义者暗示，将梦归因于大脑化学反应等同于说梦没有情感信息。但这两句话并不等同。哈佛医学院的罗伯特·W·麦卡利和我于 1977 年提出的梦的化学激活-合成理论仅认为，精神分析对梦的离奇性作为隐藏含义的解释是错误的。我们一直认为梦在情感上是显著且有意义的。那么 REM 睡眠呢？新的研究表明，梦可能发生在非 REM 睡眠期间，但化学激活模型中没有任何内容排除这种情况；只是在 REM 睡眠期间，梦的频率呈指数级增长。
精神分析学正面临大麻烦，任何数量的神经生物学修补都无法解决它。如此彻底的改革是必要的，以至于许多神经科学家宁愿重新开始，创建一个心灵的神经认知模型。精神分析理论确实是全面的，但如果它错得离谱，那么它的全面性就很难说是一种优点。与精神分析学提供的模型相比，持有这种观点的科学家们更支持基于生物学的梦、精神疾病和正常意识体验模型。