化学家启动网站,指出破坏实验的物质

不良的化学探针扰乱了乳腺癌的临床试验

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由 50 多位科学家组成的团队创建了一个网站,以帮助生物学家避免使用劣质化学试剂,这些试剂会破坏分子生物学和药物发现领域的实验。

“糟糕的试剂产生糟糕的科学。它们浪费金钱,浪费职业生涯,”生物化学家 Aled Edwards 说,他是结构基因组学联盟的负责人,这是一个研究对药物发现工作至关重要的蛋白质的公私合作机构。尽管文献中充斥着关于个别化学工具缺陷的报告,但科学家们仍在继续使用它们,他说。“目前做事的方式无法解决这个问题。我们在如何交流有关分子信息方面存在系统性失败。”

化学探针门户,Edwards 和数十位合著者在 7 月 21 日发表在《自然化学生物学》上的一篇评论文章中描述了这个门户网站,旨在创建一个社区工具来改善这种情况。


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化学探针是旨在与特定蛋白质结合并破坏其功能的小分子。对于试图找出特定蛋白质在细胞中作用的生物学家,或者对于评估干扰某种功能是否可以构成治疗基础的药物发现者来说,它们是有价值的工具。但探针经常干扰非目标蛋白质,并且它们的可靠性可能因细胞类型和物种而异。这可能会导致依赖此类探针的科学家得出并发表不必要的结论。

重大失败
Edwards 说,不可靠的探针导致了数千篇结果无法解释的论文,以及一项针对乳腺癌的临床试验失败,该试验涉及 2009-11 年的 500 多人。例如,一种最初被描述为抑制一种称为 PI3 激酶的特定蛋白质的探针,在十多年前就被描述为对许多其他蛋白质具有有效作用。存在更好的 PI3 探针,但几乎所有化学供应商都宣传最初的探针用于对抗 PI3,自 2014 年以来,已发表一千多篇关于过时探针与 PI3 一起使用的论文。

新的门户网站将推荐用于特定蛋白质的探针,并指定使用试剂的推荐实验系统和浓度。“我们的贡献将是筛选出谷壳,并说‘这是小麦’,”Edwards 说。

“我确实认为数据库将是一个有用的工具,”田纳西州孟菲斯圣裘德儿童研究医院的化学生物学家 Kip Guy 说。他说,在科学文献中找到合适的信息非常繁琐。他预计该门户网站将用于设计自己的实验,以及在审查资助和科学论文时使用。

北卡罗来纳大学教堂山分校的化学生物学家 William Zuercher 指出,目前该门户网站仅填充了七个探针的条目,他也是该评论文章的合著者。该门户网站获得了伦敦生物医学慈善机构惠康信托基金会提供的 50,000 英镑(78,000 美元)种子资金,一小部分合著者已承诺策划和输入有关探针的数据。该团队希望在未来几周内聘请某人来领导该项目。Zuercher 说,该门户网站的成功将取决于专家们将他们对无结论性工作的不满转化为行动。“为了使资源可持续,我们需要社区的投入。”

本文经许可转载,并于 2015 年 7 月 21 日首次发表

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