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如果询问普通的美国人关于衣原体，您可能会引起他们不安的畏缩。大多数人立即想到世界上最常见的性传播疾病（STD）之一。但实际上，这个术语指的是整个属的微小细菌，这些细菌可以引发各种严重的疾病。如果询问非洲一位贫困的母亲关于衣原体，她可能会告诉您，苍蝇传播的这种感染使她的两个年幼的孩子患上了称为结膜炎的痛苦眼病。这种疾病——由一种沙眼衣原体菌株（也是导致性病的物种）引起——可能导致沙眼，一种潜在的致盲疾病。在工业化国家，一种空气传播的物种，肺炎衣原体，会导致感冒、支气管炎以及大约10%在医院外感染的肺炎。研究人员甚至在肺炎衣原体和动脉粥样硬化（导致心脏病发作和中风的动脉狭窄疾病）之间建立了初步联系。
由于衣原体是细菌，抗生素可以阻止它们产生的感染。不幸的是，由于各种原因，这些疾病通常未被发现和治疗。生殖器感染早期很少产生症状。在沙眼令人担忧的发展中国家，人们常常缺乏获得充分治疗和卫生的途径。因此，估计有6亿人感染了一种或多种衣原体菌株，他们将在没有医疗护理的情况下度过，直到后果变得不可逆转。期望医生能够识别出所有患有性病的人，或者改进的卫生条件能够很快消灭发展中国家中引起沙眼的细菌，这都是不现实的。由于这些原因，遏制这些疾病传播的最佳希望是开发有效的疫苗或其他预防性治疗方法。为了发现能够在感染开始前阻止感染的药物，科学家需要更多地了解衣原体如何在分子水平上复制、引发疾病和发挥作用。但是，这些信息一直难以获得。这些细菌很狡猾。它们不仅具有多种逃避免疫系统的方法，而且在实验室中也出了名的难以研究。然而，在过去五年中，包括几种衣原体菌株的基因组的完整测序在内的新研究，已帮助科学家开始解决这些障碍。由此产生的发现正在重燃开发新预防策略的希望。