15年后，冷核聚变从美国能源部获得了第二次获得认可的机会，能源部经常被冷核聚变倡导者视为他们最大的敌人。许多人希望这场“复赛”能够证明该领域的正确性，或者彻底终结它。然而，历史重演，结论是证据仍然没有定论。
传统物理学认为核聚变在数百万度的高温下点燃。1989年3月，当当时的犹他大学电化学家马丁·弗莱ischmann和斯坦利·庞斯声称，在重水中用钯电极进行的室温实验产生的热量远远超过任何化学反应时，争议爆发了。暗示是构成重水的氘核——每个氢核带有一个额外的中子——正在聚变。
重复的实验导致了不可预测的结果，1989年11月，一个能源部特别小组发现没有令人信服的冷核聚变证据。该小组对通过常规渠道进行的进一步调查持开放态度，但建议不要设立研究中心或提供专项资金。马萨诸塞理工学院的物理学家彼得·哈格尔斯坦说，事后，科学界基本上认为冷核聚变“基本上已经死了”。
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冷核聚变研究在世界各地的工业界、大学和政府实验室中零星地继续进行，包括华盛顿特区的海军研究实验室，以及最近圣地亚哥的太空和海军战系统司令部。在第十届国际冷核聚变会议之后，哈格尔斯坦和他的冷核聚变支持者认为研究已经取得了足够的进展，可以要求对第一次审查进行更新。“我意识到过去15年已经做了很多工作，所以我同意了，”能源部首席科学副主任詹姆斯·德克尔说。
十八位核物理学家、电化学家和材料科学家审查了哈格尔斯坦及其同事提交的研究报告。能源部在其2004年12月的报告中指出，当谈到过剩功率的证据是否令人信服时，专家组的意见大致持平。当谈到实验中是否发生了核反应时，报告指出，三分之二的审查员认为证据不令人信服，一人认为令人信服，其余人有些相信。
专家们指出了数据解释和研究方法中的许多缺陷，这些方法使用的设备远不如最先进的水平。但即使是一些持怀疑态度的审查员也认为，可以进行寻找标准聚变反应产物的实验，以得出明确的结论。最后，大多数审查员建议，资助机构应通过传统的同行评审途径接受冷核聚变研究的提案。他们得出结论，未来的研究可以使用更好的工具和技术来研究载氘金属的性质并寻找聚变产物。
哈格尔斯坦认为，该报告淡化了审查员的乐观情绪，并且他对民意调查数字的准确性提出质疑。尽管如此，他现在觉得冷核聚变提案可以获得积极的建议。关于能源部，德克尔说，“我们一直对好的提案持开放态度。我们从未说过我们不会资助冷核聚变领域的提案。”但哈格尔斯坦指出，如果没有专门的项目，任何冷核聚变提案都将不得不从那些可能认为它们超出其领域范围的项目中争取资金。当被问及这是否意味着自上次能源部审查以来没有任何改变时，德克尔回答说，“我认为这可能是一个公正的评论。”