乙醇并非能量密度最高或最廉价的燃料。因此，位于加利福尼亚州埃默里维尔的 Amyris Biotechnologies 公司提出了一个可能更好的解决方案。它从一大批有机化合物开始，从中选择了汽油、柴油和航空燃料的潜在替代品，这些替代品可以在现代发动机中燃烧，并且与现有的石油基础设施兼容。然后，该公司使用定制设计的微生物，通过传统乙醇原料的发酵来生产新型燃料。
创造新型菌株绝非易事。这项任务需要对酵母基因组进行重大改造。插入了来自原始植物来源和另外两种生物的基因，并仔细调整了预先存在的生化途径。经过工程改造的酵母产量提高了百万倍。
作为新兴合成生物学领域的领导者，Amyris 公司以开发用于大规模生产抗疟疾药物青蒿素前体的酵母菌株而闻名，而亚洲植物来源的青蒿素供应短缺。该公司在 2006 年被世界经济论坛评为技术先锋，现在已接近其向发展中国家供应廉价工业级青蒿素的目标。
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Amyris 认为，将其专业知识应用于生物燃料同样有利可图。它发起了一项寻找可以在实验室生产并满足能量含量、挥发性和水溶性标准的燃料的研究。
工程改造微生物以生产药物与燃料的区别在于，按盎司计算，药物的价值要高得多：燃料最终产品的价格必须足够低廉才能燃烧。Amyris 将不得不优化每种微生物菌株，使其能够大量生产燃料而不会自我中毒，并产生足够的燃料分子，从而在经济上值得培养。在大型化学工业的历史中，该项目所涉及的技术专业知识的精妙程度是前所未有的。然而，Amyris 公司去年 6 月在其管理层中增加了几位石油行业资深人士，这表明它是认真的。