DNA 构建的“计算机”可以在照片中找到模式

人工 DNA 像神经网络一样对图像进行分类

Illustration of DNA against a green background

Thomas Fuchs

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大脑是典型的决策者,在选择前进的道路之前收集和权衡信息。但在自然界中,许多更简单的系统也完成了类似的任务。细胞利用化学信号网络来决定何时繁殖或死亡。甚至可以说水“决定”它是否会冻结成雪花或冰雹,加州理工学院的分子计算研究员 Erik Winfree 说,考虑到这种转变极其复杂的物理学。

长期以来,Winfree 一直对物理世界隐藏的信息处理能力感兴趣。在最近发表于《自然》杂志Nature上的一项研究中,他和他的合作者设计了一组人工 DNA 链,这些链可以共同识别模式和分类信息。该系统与许多人工智能模型的基础“神经网络”算法具有关键相似之处。

为了利用生物机制构建类似计算机的电路,研究人员经常求助于自组装 DNA 分子。这些定制的 DNA 链(或“瓦片”)在试管中混合并冷却后,会自组装成可预测形状的马赛克,从而可以传递信息。


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科学家们想知道这种类型的装置是否可以识别模式——例如通过将灰度照片分类到不同的类别中。为了在试管中表示图像,科学家们创建了一个代码,其中每个图像像素对应于特定“形状”的 DNA 瓦片。像素越亮,其对应的 DNA 瓦片在溶液中存在的越多。

冷却后,这些瓦片像自组装的拼图一样拼接在一起,形成三种可能的形状之一,具体取决于混合物中 DNA 瓦片形状的平衡。合作作者 Constantine Glen Evans 解释说,每种形状代表一个类别,他现在是爱尔兰梅努斯大学的分子计算研究员。

该系统旨在将 18 张照片分为三个任意类别,但它也可以对以前从未见过的图像进行分类,例如同一张照片的扭曲版本。芝加哥大学的物理学家、合作作者 Arvind Murugan 说,就像神经网络一样,它识别图像中的一般相似性,“而不是寻找完全匹配”。

Murugan 说,这项研究的目的不是要替代神经网络本身,而是要揭示“物质已经拥有的”计算能力。科学家们希望在自然界的其他系统中找到类似的计算能力;Murugan 说,这些能力“可能隐藏在我们没有注意到的各种事物中”。

约翰·霍普金斯大学的生物分子工程师 Rebecca Schulman 说:“这本身就很有趣”,她没有参与这项新研究。她补充说,信息可以通过大量分子的相互作用隐式存储,类似于信息存储在神经网络中大量神经元中的方式,“这是我以前从未见过的”。

Schulman 补充说,这些发现就像是对“奇异”深海生态系统的首次、短暂的一瞥。“这也许是在呼唤我们回去更努力地寻找。”

Allison Parshall《大众科学》的副新闻编辑,经常报道生物学、健康、技术和物理学。她编辑该杂志的“撰稿人”专栏和每周在线科学测验。作为一名多媒体记者,Parshall 为《大众科学》的播客Science Quickly 撰稿。她的作品包括关于音乐创作人工智能的三部分迷你剧。她的作品也曾发表在Quanta Magazine 和 Inverse 上。Parshall 毕业于纽约大学亚瑟·L·卡特新闻学院,获得科学、健康和环境报道硕士学位。她拥有乔治城大学心理学学士学位。在 X(前身为 Twitter)上关注 Parshall @parshallison

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大众科学杂志第 330 卷第 5 期本文最初以“DNA 决策”为标题发表于 《大众科学》杂志 第 330 卷第 5 期(),第 15 页
doi:10.1038/scientificamerican0524-15
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